有亲属关系的两个单位能否联合作为两个乙方单位申请项目，需分情况讨论，核心在于项目招标文件要求、亲属关系性质及是否存在利益冲突，具体分析如下：

1. 若项目招标文件明确禁止“存在亲属关系的单位联合投标”
   根据《招标投标法实施条例》第三十四条，与招标人存在利害关系可能影响招标公正性的法人、其他组织或个人，不得参加投标；单位负责人为同一人或存在控股、管理关系的不同单位，不得参加同一标段投标或未划分标段的同一招标项目投标。
   若亲属关系属于“单位负责人同一”或“控股/管理关系”（如母子公司、兄弟公司），则直接违反上述规定，联合投标必然被禁止，否则可能面临投标无效、中标结果被撤销、罚款等法律后果。
   若亲属关系仅为普通员工亲属（如两单位法定代表人为夫妻，但无控股/管理关系），需进一步结合招标文件判断：若招标文件未明确禁止此类情形，则可能允许联合投标，但需提前向招标方披露亲属关系，避免后续被质疑“影响公正性”。

2. 若项目招标文件未明确禁止亲属关系单位联合投标
   法律未直接禁止普通亲属关系（如两单位股东为亲属但无控股关系）的单位联合投标，但需满足以下条件：

   • 利益冲突规避：需证明亲属关系不会导致联合体在项目执行中偏袒某一方（如通过书面承诺、利益冲突回避机制等）；
     
   • 联合体协议合规：联合体各方需签订明确分工、责任划分的协议，避免因亲属关系导致责任推诿；
     
   • 招标方认可：部分项目可能要求联合体提交亲属关系说明，由招标方评估是否接受。
     若未履行上述程序，即使招标文件未禁止，也可能因“影响公正性”被质疑投标有效性。

3. 特殊场景：政府采购项目
   根据《政府采购法实施条例》第十八条，单位负责人为同一人或存在直接控股、管理关系的不同供应商，不得参加同一合同项下的政府采购活动。
   若亲属关系涉及“直接控股/管理”（如母子公司），则绝对禁止联合投标；
   若仅为普通亲属关系（如两公司股东为兄弟），需结合采购文件要求判断，若未明确禁止，可尝试联合投标，但需重点披露亲属关系并证明无利益冲突。

建议行动步骤：

1. 优先审查项目招标文件，确认是否对“亲属关系单位联合投标”有明确限制；
   
2. 若文件未禁止，进一步分析亲属关系性质（是否涉及控股/管理关系）；
   
3. 无论是否禁止，均建议提前向招标方书面披露亲属关系，并附联合体协议、利益冲突回避方案等材料；
   
4. 涉及政府采购或大型项目时，可咨询法律专业人士对具体条款进行合规性审查。
   

如有进一步细节（如亲属关系具体类型、项目性质等），可继续向我咨询，我会结合具体场景提供更精准的分析。