结论：有合作关系的两个人的公司能否一起投标，需分情况讨论。一般情况下，如果两家公司存在直接或间接的关联关系，可能违反招投标的相关规定，不允许同时投标；但在特定情况下，如果法律法规或招标文件允许，且能确保投标过程的公平公正，也可能被允许。以下是对此问题的详细分析：
一、一般原则与规定
关联关系限制：
- 根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第三十四条，与招标人存在利害关系可能影响招标公正性的法人、其他组织或者个人，不得参加投标。这特别指出，单位负责人为同一人或者存在控股、管理关系的不同单位，不得参加同一标段投标或者未划分标段的同一招标项目投标。
- 这一规定旨在防止因利益关联而影响投标的公正性，确保招投标活动的公平、公正和透明。
合作关系的性质：
- 如果两个人之间的合作关系导致了他们所控制或管理的公司之间存在直接或间接的关联关系（如共同投资、共同控制、管理上的交叉等），那么这些公司通常被视为存在利害关系，可能不得同时投标。
二、特殊情况与例外
招标文件允许：
- 某些招标文件可能会明确规定，在特定条件下允许关联公司同时投标。这些条件可能包括关联公司之间的合作对完成项目至关重要，且这种合作不会损害其他投标人的利益。
- 因此，在参与投标前，必须仔细研究招标文件的相关条款，以确定是否允许关联公司同时投标。
确保公平公正：
- 如果招标人有充分措施确保投标过程的公平公正，且关联关系并非法律法规明确禁止的情形，也有可能允许关联关系公司同时投标。
- 这通常需要招标人进行严格的审查和评估，以确保投标活动的公正性和透明度。
三、实际操作中的考量
独立性判断：
- 首先需确认两家公司是否为独立的法人实体，即不存在直接控股或管理关系。这是参与同一项目投标的基本前提。
利害关系评估：
- 即便两家公司独立，也需评估两个人之间的合作关系是否可能导致利害关系，进而影响投标公正性。这通常需要结合具体情况和相关部门的认定来判断。
招标文件要求：
- 两家公司还需分别满足招标文件的资格要求，包括资质条件、业绩经验等。这是参与投标的基本门槛。
利益冲突排查：
- 需关注两家公司在业务上是否存在密切关联或利益输送的情况，以避免引发利益冲突的担忧。必要时，应提供额外证明材料来排除这种可能性。
四、法律建议
仔细研究招标文件：
- 在参与投标前，务必仔细阅读并理解招标文件的所有要求，特别是关于关联公司投标的规定。
评估利害关系：
- 评估两个人之间的合作关系是否可能导致利害关系，并考虑这种关系对投标公正性的影响。
咨询专业意见：
- 如果你对招投标法律或招标文件的要求存在疑问，可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况提供专业的法律意见。
谨慎参与投标：
- 在准备充分且符合所有规定的前提下，方可谨慎参与投标，并随时准备接受相关监管部门的审查。
总结：有合作关系的两个人的公司能否一起投标，取决于多种因素，包括关联关系的性质、招标文件的要求以及投标过程的公平公正性等。在决定是否同时投标前，务必进行充分的评估和咨询，以确保自己的投标行为符合相关法律法规和招标文件的要求。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。