两家公司有业务合作关系能同时投标。在招标投标活动中，确保公平竞争是基本原则，但业务合作关系本身并不直接构成不能同时投标的法律障碍。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《招标投标法实施条例》的规定，并未明确禁止存在业务合作关系的公司同时参与同一项目的投标。该条例主要规定了可以拒收投标文件的法定情形，如资格预审未通过、逾期送达、不按要求密封等，而业务合作关系并不属于这些情形之一。

2. 实际操作：

   • 在实际操作中，招标代理机构在遇到存在关联关系或业务合作关系的公司同时投标时，通常会将相关情况如实记录并提交给评标委员会。评标委员会会依据法律和招标文件的相关规定，对投标文件进行评审处理，以确保公平、公正地选择中标者。

3. 注意事项：

   • 虽然业务合作关系本身不构成投标障碍，但公司在投标过程中应遵守相关法律法规和招标文件的规定，确保投标的合法性和有效性。
   • 如果两家公司在业务合作中存在可能影响投标公正性的因素，如共享商业秘密、串通投标等，则可能面临法律风险和处罚。

综上所述，两家公司有业务合作关系并不妨碍它们同时参与同一项目的投标。但在投标过程中，应遵守相关法律法规和招标文件的规定，确保投标的公正性和合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。