工程造价结算以甲方审核或甲方指定的审核审计机构审核结论为准，这一做法的合法性并非绝对，而是取决于具体合同条款的约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先原则：

   • 在建设工程合同中，双方当事人有权自由约定工程造价的结算方式。如果合同中明确约定了以甲方审核或甲方指定的审核审计机构的审核结论为准，并且这一约定不违反法律、行政法规的强制性规定，也不违背公序良俗，那么该约定是合法有效的。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，依法成立的合同，对当事人具有法律约束力。当事人应当按照约定履行自己的义务，不得擅自变更或者解除合同。

2. 审核结论的公正性与合理性：

   • 即使合同中有上述约定，甲方或其指定的审核审计机构在审核过程中也应当遵循公正、合理、客观的原则，确保审核结论的准确性和公正性。
   • 如果审核结论存在明显的不合理或错误，乙方（通常是施工方）有权提出异议，并可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决争议。

3. 法律法规的强制性规定：

   • 在某些情况下，相关法律法规可能对工程造价的结算方式有强制性规定。例如，如果法律法规要求工程造价必须经过政府部门的审计或批准，那么合同中的约定就不能违反这一规定。
   • 示例：在某些政府投资的建设项目中，法律法规可能明确规定工程造价必须经过财政部门的审计才能作为结算依据。在这种情况下，即使合同中有其他约定，也必须以法律法规的规定为准。

4. 乙方权益的保护：

   • 乙方在签订合同时，应当仔细审查合同条款，特别是关于工程造价结算的约定。如果乙方认为合同中的约定可能损害其合法权益，可以与甲方进行协商修改或拒绝签订合同。
   • 在合同履行过程中，如果乙方对甲方或其指定的审核审计机构的审核结论有异议，应当及时提出并保留相关证据，以便在争议解决时维护自己的权益。

建议：

• 在签订建设工程合同时，双方应当明确约定工程造价的结算方式，并确保该约定符合法律法规的规定。
• 在合同履行过程中，双方应当遵循诚实信用原则，确保审核结论的公正性和合理性。
• 如果发生争议，双方应当首先通过协商、调解等方式解决；协商、调解不成的，可以依法申请仲裁或提起诉讼。

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