1. 从法律定性角度：
   • 如果在超市购物时故意有一件商品没有付款，这种行为可能涉嫌盗窃。根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第四十九条规定，盗窃、诈骗、哄抢、抢夺、敲诈勒索或者故意损毁公私财物的，处五日以上十日以下拘留，可以并处五百元以下罚款；情节较重的，处十日以上十五日以下拘留，可以并处一千元以下罚款。若盗窃的商品价值达到一定数额（一般各省有不同标准，例如达到一千元至三千元以上），还可能构成《中华人民共和国刑法》中的盗窃罪，面临更严厉的刑事处罚。
   • 超市作为商家，在没有执法权的情况下，无权直接对顾客进行罚款。罚款是一种行政处罚，只能由具有行政处罚权的行政机关，如公安机关等，在法定职权范围内依照法定程序实施。所以超市直接罚款1000元这种行为本身在法律程序上是不合法的。
2. 从实际处理角度：
   • 超市发现这种情况后，正确的做法应该是先保留好相关证据，比如监控录像、未付款商品的记录等，然后可以选择报警，让公安机关来处理。公安机关会根据具体情况，如商品的价值、行为的性质等，依法作出相应的处罚决定。
   • 如果超市已经对顾客罚款1000元，顾客可以与超市协商要求返还罚款。若协商不成，顾客可以向消费者协会投诉或者向法院提起诉讼，要求超市返还非法收取的罚款，并可能要求超市承担因不当行为给顾客造成的合理损失，比如因处理此事产生的误工费等。

总体而言，超市直接罚款1000元不合理也不合法，顾客遇到这种情况要懂得维护自己的合法权益。如果你还有其他关于此类消费纠纷或者法律方面的问题，都可以直接向我咨询。