核心结论：加班未申请的处理方式需结合公司规章制度、加班性质及证据留存情况综合判断，以下是具体分析：

1. 公司有明确加班申请制度时

• 制度效力：若公司规章制度明确规定“加班需提前申请并经审批”，且该制度已通过民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示（如员工手册签字确认），则未申请的加班可能被认定为“自愿加班”，公司有权不支付加班费。
• 例外情形：若能证明加班是公司安排的（如领导口头指令、紧急任务邮件等），即使未申请，仍可主张加班费。此时需提供证据，如：
  • 聊天记录、邮件、录音等证明公司要求加班；
  • 考勤记录、门禁记录等证明实际出勤时间；
  • 工作成果（如报告、合同）证明加班期间完成的工作。

2. 公司无明确加班申请制度时

• 法律推定：根据《劳动法》第四十四条，只要劳动者能证明“存在加班事实”（如超出法定工作时间的出勤记录），公司就需支付加班费，无需以“申请”为前提。
• 举证责任：劳动者需承担初步举证责任，证明加班时间（如考勤表、打卡记录）和加班内容（如工作邮件、任务分配记录）。若公司否认，则需由公司举证反驳（如提供反证证明劳动者未实际工作）。

3. 实务建议

• 立即补救：
  • 若公司允许补申请，尽快提交加班申请并附上证据（如工作记录）；
  • 若公司拒绝，可向工会或劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁。
• 证据留存：
  • 日常工作中养成留存加班证据的习惯（如截图保存工作群通知、保存加班期间的工作文件）；
  • 若公司使用电子考勤系统，可定期截图保存考勤记录。
• 协商优先：
  • 尝试与公司协商，说明加班原因及证据，争取补发加班费或调休；
  • 协商时注意保留书面记录（如邮件、微信聊天记录）。

总结：加班未申请是否影响权益，关键在于能否证明加班是公司安排或存在实际加班事实。建议优先通过协商解决，若协商无果，可依法维权。如有具体证据或公司制度细节，可进一步向我咨询，我会结合实际情况为您分析。