公司拿加班时间抵扣请假时间，在一般情况下是不合法的，但特定条件下可能合法。以下从不同角度为您详细分析：
一、一般情况下的不合法性
法律框架与加班费性质：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，加班费是劳动者超出正常工作时间提供劳动的额外补偿，属于劳动者应得的劳动报酬。它体现了法律对劳动者额外劳动时间的补偿原则。
- 请假则是劳动者因个人原因在正常工作时间内未提供劳动的情况，其处理通常依据公司的内部规章制度，可能涉及扣减相应的工资或福利，但与加班费无直接联系。
抵扣行为的违法性：
- 将加班时间抵扣请假时间，实际上剥夺了劳动者获得加班额外补偿的权利，违反了劳动法关于支付加班费的强制性规定。
- 这种做法可能降低员工的实际收入，影响其工作积极性和合法权益。
二、特定条件下的合法性
尽管一般情况下不合法，但在某些特定条件下，公司拿加班时间抵扣请假时间可能被视为合法：
双方明确约定：
- 如果用人单位与劳动者在平等自愿、协商一致的基础上达成协议，允许用加班时间来冲抵请假时间，并且这种安排不违反法律的强制性规定和公序良俗，那么从意思自治的角度来看，这种约定是有效的。
- 协议必须是双方平等自愿、协商一致的结果，且应有明确的书面形式作为证明。
公司规章制度合法且公示：
- 若公司的规章制度明确规定“请假可以用加班时间抵扣”，并且该制度经过民主程序制定并公示告知员工，那么在一定程度上具有法律效力。
- 但即便如此，这种规定也不能违反法律的强制性规定，如不能剥夺员工的法定休假权利或降低加班工资的支付标准。
三、实际操作中的建议
对于公司：
- 应严格遵守相关法律法规和公司规章制度，确保员工的合法权益得到保障。
- 在处理加班费和请假问题时，应避免将两者相互抵扣，除非有合法合规的书面协议。
- 建议公司建立完善的加班和请假管理制度，明确各自的计算方式和处理流程，确保透明化管理。
对于劳动者：
- 应了解自己的权益和义务，在遇到类似问题时及时维护自己的合法权益。
- 如果公司擅自用加班时间抵扣请假时间，劳动者可以与公司协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁来维护自己的权益。
总结来说，公司拿加班时间抵扣请假时间在一般情况下是不合法的，但特定条件下（如双方明确约定或公司规章制度合法且公示）可能被视为合法。在实际操作中，公司应严格遵守法律法规，劳动者也应了解自己的权益并积极维护。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。