综合工时制下，工资计算的核心逻辑是：以周期内总工时为基准，结合法定标准工时判断是否产生加班费，同时需满足当地最低工资标准。具体计算方式需分情况讨论：

1. 周期内总工时未超法定标准工时

若员工在综合计算周期内（如季度、年）的总实际工作时间未超过法定标准总工时（如季度标准工时为500小时，年标准工时为2000小时），则工资按正常工资标准计算，无需支付加班费。
示例：某员工实行以季度为周期的综合工时制，季度标准工时为500小时，实际工作480小时，则工资按正常月薪发放，无额外加班费。

2. 周期内总工时超过法定标准工时

若总实际工作时间超过法定标准总工时，超出部分视为延长工作时间，需按以下规则支付加班费：

• 工作日延长工时：超出部分按不低于工资的150%支付加班费；
  
• 休息日工作：若周期内休息日工作但总工时未超标准，不支付加班费；若总工时超标，超出部分中属于休息日工作的，按不低于工资的200%支付加班费；
  
• 法定节假日工作：无论总工时是否超标，均按不低于工资的300%支付加班费。
  

示例：某员工实行以年为周期的综合工时制，年标准工时为2000小时，实际工作2200小时，其中包含法定节假日工作10小时。则：

• 超出标准工时200小时（2200-2000），其中法定节假日10小时按300%支付，剩余190小时按150%支付；
  
• 假设月工资为5000元，则日工资为5000÷21.75≈230元/日，小时工资为230÷8≈28.75元/小时；
  
• 法定节假日加班费：10小时×28.75×300%=862.5元；
  
• 延长工时加班费：190小时×28.75×150%=8193.75元；
  
• 总加班费为862.5+8193.75=9056.25元。

3. 特殊情形：周期内休息日未安排工作

若周期内休息日未安排工作且总工时未超标，则工资按正常标准发放；若总工时超标且休息日有工作记录，则需按上述规则区分延长工时与休息日工作，分别计算加班费。

关键提醒

• 综合工时制需经审批：企业实行综合工时制需向当地劳动行政部门申请并获批，否则仍需按标准工时制计算工资。
  
• 最低工资保障：即使周期内总工时未超标，员工小时工资也不得低于当地最低工资标准。
  
• 记录留存：企业需完整记录员工出勤情况，作为加班费计算的依据，否则可能承担举证不利后果。
  

若您对具体计算方式或当地政策有疑问，可直接向我咨询，我会结合您的实际情况进一步分析。