结论：工资关系与工作地不一致时，是否可以发放特定补贴，需根据具体情况判断，主要涉及劳动合同约定、公司规章制度、地区差异及法律规定等因素。以下从不同角度展开分析：

1. 劳动合同约定优先
   若劳动合同中明确约定了“因工资关系与工作地不一致需发放补贴”（如异地工作补贴、交通补贴等），则公司应按合同履行。例如：员工工资关系在总部A地，但实际在分支机构B地工作，合同约定每月发放500元异地补贴，公司需遵守。
   法律依据：根据《劳动合同法》第17条，劳动合同应明确工作内容、地点、报酬等条款；第35条，变更合同需双方协商一致。若合同无约定，公司无强制发放义务，但可协商补充。

2. 公司规章制度或集体合同规定
   若公司通过规章制度或集体合同（如工会协议）规定了此类补贴的发放条件（如跨省工作补贴、住房补贴等），则员工有权主张。例如：公司《薪酬管理制度》明确“跨省工作员工每月发放800元住房补贴”，员工可据此要求。
   注意：规章制度需经民主程序制定（如职工代表大会讨论）并公示，否则可能无效（《劳动合同法》第4条）。

3. 地区差异导致的实际成本增加
   若工作地与工资关系地存在显著生活成本差异（如一线城市与三四线城市），员工可主张公司补偿实际损失。例如：工资关系在低消费城市，但实际在高消费城市工作，导致租房、交通等成本大幅增加，可要求公司发放差额补贴。
   实践建议：需保留相关证据（如租房合同、交通票据等），并通过协商或劳动仲裁主张权益。

4. 法律强制性规定
   目前无直接法律强制要求公司因工资关系与工作地不一致发放补贴，但若涉及特殊情形（如外派至艰苦地区），可能适用《劳动法》第44条关于“加班工资”或“特殊津贴”的规定，需结合具体政策判断。

行动建议：

• 优先检查劳动合同、公司规章制度或集体合同中是否有相关约定；
  
• 若无约定，可与公司协商补充协议或申请临时补贴；
  
• 若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，主张实际损失补偿。
  

如有进一步细节（如具体地区、合同条款等），可随时向我补充说明，我会为您分析具体操作路径。