结论：在劳动仲裁中涉及两家公司但只有一家公司证据的情况下，你可以通过以下几种方式来处理：一是尽可能收集与另一家公司相关的间接证据；二是明确仲裁请求，只针对有证据支持的公司提出仲裁请求；三是在仲裁过程中，如果发现与另一家公司有关的新证据，可以及时向仲裁庭提交。

分析说明：

1. 尽可能收集间接证据：

   • 尽管你目前只有一家公司的直接证据，但可以尝试收集与另一家公司相关的间接证据。这些间接证据可能包括工作记录、邮件往来、聊天记录、工资条（如果另一家公司也参与支付）、工作证、工作服等，这些都可以作为证明你与另一家公司存在劳动关系的辅助证据。
   • 例如，如果你曾为两家公司共同完成的项目工作，那么项目合同、项目进展报告、会议记录等都可以作为间接证据，证明你与另一家公司也有劳动关系。

2. 明确仲裁请求：

   • 在劳动仲裁中，你需要明确你的仲裁请求，即你希望仲裁庭裁决什么。如果你只有一家公司的证据，那么你的仲裁请求应该只针对这家公司提出。
   • 例如，如果你希望仲裁庭裁决这家公司支付你拖欠的工资，那么你就需要提供这家公司拖欠你工资的证据。对于另一家公司，如果你没有足够的证据，暂时不要将其纳入仲裁请求中。

3. 及时提交新证据：

   • 在仲裁过程中，如果你发现了与另一家公司有关的新证据，应该及时向仲裁庭提交。仲裁庭会根据新证据的情况，决定是否需要重新开庭或者进行其他处理。
   • 例如，如果你在仲裁过程中找到了另一家公司支付你部分工资的银行转账记录，那么这份记录就可以作为新证据，证明你与另一家公司也存在劳动关系。

后续行动建议：

• 继续收集证据：尽可能通过各种途径收集与另一家公司相关的证据，包括直接证据和间接证据。
• 咨询专业意见：如果你对如何收集证据或者如何提出仲裁请求有疑问，可以向我咨询，我会根据你的具体情况给出专业的建议。
• 准备仲裁材料：在提出仲裁请求前，准备好所有相关的仲裁材料，包括仲裁申请书、证据清单、证据材料等。

特殊场景提醒：

• 如果你与两家公司都签订了劳动合同，但只有一家公司的合同在手中，那么另一份合同可能作为关键证据存在于另一家公司或者相关部门（如劳动局）手中。你可以尝试通过合法途径获取这份合同，比如向另一家公司提出查看或者复制合同的请求，或者向劳动局申请调取。

法律条款参考：

• 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动者在提出劳动仲裁时，需要提供与争议事项有关的证据。如果证据由用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。这意味着，如果你能证明某些证据由另一家公司掌握，而该公司拒绝提供，那么仲裁庭可能会作出对你不利的裁决的相反认定。