短期工两个月工资不是一次性结清，这主要取决于双方劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。以下从不同角度为你详细分析：
一、劳动合同约定优先
合同自由原则：根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。在合同中，双方可以就工资支付方式、支付时间等事项进行约定。因此，如果劳动合同中明确规定了工资不是一次性结清，而是分期支付，那么用人单位按照合同约定支付工资是合法的。
约定内容需合法：虽然劳动合同可以约定工资支付方式，但约定内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定。例如，用人单位不得约定以实物、有价证券等形式代替货币支付工资，也不得约定低于当地最低工资标准的工资。
二、法律法规规定
工资支付周期：根据《工资支付暂行规定》等相关法律法规，工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。对于短期工，如果其工作期限跨越了多个工资支付周期（如一个月），那么用人单位可以按照约定的支付周期（如每月支付一次）支付工资，而不是一次性结清。
特殊情况下的工资支付：在某些特殊情况下，如用人单位因生产经营困难暂时无法按时支付工资的，可以与劳动者协商延期支付，但延期支付的时间一般不超过一个月。然而，这并不意味着用人单位可以无限期地延期支付工资，否则将构成拖欠工资，劳动者有权依法维护自己的权益。
三、实际操作建议
查看劳动合同：如果你对工资支付方式有疑问，首先应查看劳动合同中的相关约定。如果合同中有明确规定，且规定合法，那么用人单位按照合同约定支付工资是合理的。
与用人单位沟通：如果劳动合同中没有明确规定工资支付方式，或者你对合同中的规定有疑问，可以与用人单位进行沟通，了解工资支付的具体安排和原因。
依法维权：如果用人单位存在拖欠工资、未按照约定支付工资等违法行为，你可以依法向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
举例说明：假设你与用人单位签订了一份为期两个月的短期劳动合同，合同中约定工资按月支付，即第一个月工作结束后支付第一个月的工资，第二个月工作结束后支付第二个月的工资。在这种情况下，用人单位按照合同约定分期支付工资是合法的，而不是一次性结清。
总结来说，短期工两个月工资不是一次性结清，这主要取决于劳动合同的约定以及相关法律法规的规定。如果你对工资支付方式有疑问或遇到相关问题，建议及时与用人单位沟通或咨询专业律师（即我本人，王金凌律师，专注于合同纠纷、劳动仲裁领域），以便更好地维护自己的权益。