关于公司考勤制度是否合法的问题，不能一概而论，需要从多个角度进行综合分析。以下是我从专业角度为你提供的详细解答：

1. 制定程序的合法性：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，企业在制定涉及劳动者切身利益的规章制度（包括考勤管理）时，必须经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并将规章制度公示或告知劳动者。这是确保考勤制度合法性的关键步骤。
   • 如果公司的考勤制度未经上述程序制定或未公示告知员工，那么该制度在程序上是不合法的。

2. 内容的合理性与合法性：

   • 考勤制度的内容应公平合理，不得违反法律法规的强制性规定。例如，对于迟到、早退等考勤违规行为的罚款，金额应合理设定，且总额不得超过员工当月工资的一定比例（一般不超过20%，扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准）。
   • 如果考勤制度中的罚款条款、扣绩效奖金方式或纪律处分措施等存在不合理或违法的情况，如罚款金额过高、扣减绩效奖金无明确依据或纪律处分过重等，那么该制度在内容上是不合法的。

3. 具体处罚措施的合法性：

   • 罚款：在部分地区，企业依据合法制定并公示的规章制度对员工进行适当罚款是司法实践中认可的。但前提是罚款金额要合理，且需遵守当地法律法规的规定（如深圳等地明确禁止企业对员工进行罚款）。
   • 扣绩效奖金：若企业绩效考核制度明确将考勤情况纳入考核指标，并明确规定了因考勤不达标而扣减绩效奖金的方式，则这种扣减通常具有合法性。
   • 纪律处分：企业可根据规章制度对多次违反考勤规定的员工给予警告、记过等纪律处分。这些处分只要符合规定程序且处分与违规行为相当，即视为合法的管理手段。对于严重违纪行为（如长期旷工），企业可依法解除劳动合同，但需确保员工知晓相关规章制度且其行为达到了严重违反的程度。

4. 员工权利保障：

   • 员工认为企业的考勤处罚不合理或不合法时，有权向企业内部机构（如劳动争议调解委员会）提出申诉，要求重新审查处罚决定。
   • 若与企业无法就考勤处罚问题协商解决，员工可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不满的还可向人民法院提起诉讼。在此过程中，员工需提供充分证据支持自己的主张。

总结与建议：

• 公司在制定考勤制度时，应确保其内容的合法性与合理性，并严格遵守制定程序。
• 对于员工的考勤违规行为，公司应根据情节轻重给予相应的处罚，并确保处罚措施的合法性与合理性。
• 员工也应了解自己的权利和义务，在认为处罚不当时及时通过合法途径维护自己的权益。

如果你对公司考勤制度的合法性存在疑问，或者遇到了相关的法律问题，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律意见和帮助。