强制超休扣工资是否合法，需视具体情况而定。以下是对该问题的详细分析：
合法情况
明确约定且符合规定：
- 若用人单位与劳动者在劳动合同、员工手册等文件中已明确约定了超休及相应扣减工资的规定，并且这些约定不违反国家法律法规的强制性规定，同时用人单位能证明超休对其正常生产经营造成了实际影响，则按照约定扣减工资是合法的。例如，合同中规定超出带薪年假的休假将按日工资的一定比例扣除，且此规定已经双方确认并遵守，那么执行此规定即为合法。
规章制度合理且经过公示：
- 用人单位依法制定的规章制度中，若对超休扣工资有明确规定，并且该规章制度已经过民主程序制定（如职工代表大会讨论通过）并已向全体劳动者公示或告知，则在劳动者超休时按照规章制度扣减工资也是合法的。这确保了规章制度的合法性与公正性。
个人原因导致的超休：
- 如员工因个人原因（如旷工、请假未获批准等）导致超休，且用人单位有相关规章制度作为依据，按照规章制度扣减工资是合理的。这体现了对员工个人责任的追究与用人单位管理权的平衡。但需注意，扣减的工资数额应合理，不得导致劳动者工资低于当地最低工资标准。
不合法情况
扣除金额不合理：
- 如果用人单位扣除的工资数额过高，明显不合理，甚至导致劳动者工资低于当地最低工资标准，那么这种扣减行为是不合法的。它侵犯了劳动者的合法权益，特别是工资权益。
无合法依据或未经协商：
- 若用人单位没有与劳动者事先约定超休扣工资的相关事宜，也没有合法有效的规章制度作为依据，就擅自扣减劳动者工资，这种行为是不合法的。它违反了劳动合同的平等自愿原则以及用人单位的正当管理权限。
法定节假日、年休假或公司安排休息日加班后扣工资：
- 法定节假日和年休假是劳动者依法享有的休息时间，公司安排休息日加班也应支付加班费。若公司以超休为由扣减这些时间段的工资，是不合法的。因为这些时间段是劳动者应得的休息或加班报酬时间，不应被视为超休并扣减工资。
非因劳动者原因造成单位停工、停产期间的扣工资：
- 根据《工资支付暂行规定》，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付工资。若超过一个工资支付周期，劳动者提供正常劳动则劳动报酬不得低于最低工资标准；未提供正常劳动则按国家有关规定办理。公司在此情况下强制休假并扣工资也是不合法的。
应对措施与建议
- 劳动者：遇到公司强制超休扣工资的情况，首先应与公司进行协商沟通，要求公司说明扣工资的依据和理由。若协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
- 用人单位：在制定相关规章制度时，应充分考虑员工的合法权益与企业的长远发展需求之间的平衡关系。确保规章制度合法、合理且经过公示或告知程序，避免因此引发劳动纠纷。
综上所述，强制超休扣工资是否合法取决于具体情况下的约定、规章制度以及扣减行为的合理性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。