结论：劳动合同法规定社保公司应承担部分不能约定由员工全额缴纳或扣回，这种约定是无效的。以下从多个角度为你详细分析：

从法律规定角度

根据《中华人民共和国社会保险法》以及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位和劳动者必须依法参加社会保险，缴纳社会保险费。其中，养老保险、医疗保险和失业保险由用人单位和劳动者共同缴纳，工伤保险和生育保险由用人单位缴纳，劳动者不缴纳。这是法律的强制性规定，用人单位和劳动者都必须遵守，不能通过约定来改变这种法定的缴费义务分担方式。

例如，在养老保险中，单位缴纳比例通常为一定比例（如16% ，具体比例因地区而异），个人缴纳比例为一定比例（如8%），这是法律明确规定的，双方不能自行协商改变。如果劳动合同中约定由员工全额缴纳单位应承担的部分，或者单位在发放工资时将单位应承担的社保费用扣回，这种约定因为违反了法律的强制性规定而无效。

从合同效力角度

劳动合同虽然是一种合同，但它受到法律的特殊规制。根据《中华人民共和国民法典》关于合同效力的规定，违反法律、行政法规的强制性规定的合同无效。由于上述关于社保缴费义务分担的规定属于法律的强制性规定，所以劳动合同中约定社保公司应承担部分由员工全额缴纳或扣回的条款，自始不具有法律效力。

即使双方在劳动合同中明确写了这样的条款，当发生争议时，劳动仲裁机构或法院也不会认可该条款的效力，仍然会按照法律规定的缴费义务分担方式来处理社保缴费问题。

从实际后果角度

如果用人单位与劳动者约定由员工全额缴纳单位应承担的社保部分或者扣回单位应承担的费用，这不仅会损害劳动者的合法权益，也会给用人单位带来法律风险。

对于劳动者来说，其实际到手工资可能会减少，而且本应由单位承担的社保费用转嫁到自己身上，增加了经济负担。对于用人单位而言，一旦被劳动监察部门发现存在这种违法行为，将会面临责令限期改正、罚款等行政处罚。同时，在劳动争议中，用人单位也可能需要承担补缴社保费用、支付经济补偿等法律责任。

如果你在社保缴纳方面还有其他疑问，或者遇到其他法律问题，都可以直接向我咨询。