结论：劳动合同中约定社保个人承担部分由公司承担，该约定本身不违反法律强制性规定，但可能存在税务及社保合规风险，需分情况讨论其合法性与可操作性。具体分析如下：

1. 法律层面：约定不违法，但需满足形式要件

根据《社会保险法》第60条，用人单位必须自行申报、按时足额缴纳社保费，职工应缴纳的部分由用人单位代扣代缴。法律未禁止用人单位自愿承担职工个人应缴部分，因此双方在劳动合同中约定“公司承担个人社保部分”属于意思自治范畴，不违反效力性强制性规定，合同条款有效。

关键点：

• 约定需明确写入劳动合同或补充协议，避免口头承诺；
  
• 不得以“社保补贴”形式直接发放给员工并要求其自行缴纳，否则可能被认定为未依法缴纳社保。

2. 税务与社保合规风险：需关注操作细节

（1）个人所得税风险：
根据《个人所得税法》及实施条例，公司为员工承担的个人社保部分属于“工资薪金所得”的组成部分，需并入员工当月工资总额代扣代缴个税。若公司未将该部分计入个税申报，可能面临税务机关追缴税款、滞纳金及罚款。

操作建议：

• 在工资表中单独列明“公司承担个人社保部分”，并依法计算个税；
  
• 避免通过“费用报销”等方式规避个税，否则可能被认定为偷税。

（2）社保缴费基数风险：
社保缴费基数通常以员工上年度月平均工资为准，若公司承担个人部分后未调整缴费基数，可能导致社保缴费基数低于实际工资水平，违反《社会保险法》第63条关于“足额缴纳”的规定，可能被社保部门责令补缴并加收滞纳金。

操作建议：

• 若约定公司承担个人部分，需同步调整社保缴费基数至员工实际工资水平；
  
• 避免通过“低报缴费基数”降低公司成本，否则可能面临行政处罚。

3. 实务建议：平衡合法性与风险控制

（1）明确约定条款：
在劳动合同中写明“公司承担员工个人应缴社保部分，该部分金额计入员工应税收入，并依法代扣代缴个人所得税”，避免歧义。

（2）调整工资结构：
可将公司承担的个人社保部分设计为“固定津贴”，与基本工资、绩效等分开列明，但需确保整体收入不低于当地最低工资标准。

（3）合规申报与缴费：

• 按调整后的缴费基数申报社保；
  
• 将公司承担的个人社保部分纳入个税申报系统，履行代扣代缴义务。

总结：该约定合法但需谨慎操作，公司需通过完善合同条款、调整工资结构、依法申报税务及社保等方式，确保合规性。若操作不当，可能面临税务稽查、社保补缴及行政处罚风险。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作方案。