员工牟利退还后，是否还能起诉，这主要取决于员工牟利行为的性质、退还情况以及是否因此遭受了损失等多个因素。以下从几个不同角度进行分析：
如果员工牟利行为构成违法或犯罪，但已退还所得：
- 在这种情况下，虽然员工已经退还了非法所得，但如果其行为已经触犯了法律，如贪污、受贿、职务侵占等，那么仍然可能面临法律责任。不过，退还所得可能会作为量刑时的一个考虑因素，减轻处罚。
- 若员工因此遭受了损失，如被解雇、降职等，且这些损失与牟利行为无直接因果关系或退还后仍存在争议，员工有权通过法律途径维护自己的权益。例如，如果员工因被误解而遭受不公正对待，可以提起劳动仲裁或诉讼，要求恢复名誉、赔偿损失等。
如果员工牟利行为未构成违法或犯罪，但违反了公司规章制度：
- 在这种情况下，员工退还所得后，公司可能会根据内部规章制度对其进行处理，如警告、罚款、解雇等。
- 如果员工对公司的处理结果不满，认为处理过重或存在不公正，可以通过劳动仲裁等法律途径来维护自己的权益。员工需要准备相关证据，如公司规章制度、退还证明、处理决定等，以证明自己的主张。
如果员工牟利行为未被发现或未受到处理，但员工主动退还并希望避免法律风险：
- 员工主动退还非法所得，体现了其认识到错误并愿意改正的态度。在这种情况下，如果员工能够积极配合调查，如实说明情况，通常可以减轻或免除法律责任。
- 然而，如果员工在退还后仍然担心可能面临的法律风险，或者认为自己的权益受到了侵害（如被误解为有其他不当行为），也可以咨询专业律师，了解自己的法律地位和可能的法律后果，并决定是否需要采取进一步行动。
法律建议：
- 在处理此类问题时，员工应首先了解自己的行为是否构成违法或犯罪，以及可能面临的法律后果。
- 如果员工已经退还了非法所得，并希望避免法律风险，建议保留好退还证明和相关证据。
- 如果员工对公司的处理结果不满或认为自己的权益受到了侵害，应及时咨询专业律师，了解自己的法律地位和可能的法律途径。
可能涉及的法律条款：
- 《中华人民共和国劳动法》等相关法律法规中关于员工权益保护、公司规章制度、劳动争议处理等方面的规定。
- 《中华人民共和国刑法》中关于贪污、受贿、职务侵占等犯罪的规定（如果员工行为构成犯罪）。
总之，员工牟利退还后是否还能起诉，取决于多种因素。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。