结论：司机将车主的运费一万二拿走，这一行为在刑事自诉中法院偏向民事处理，可能是因为该行为更符合民事纠纷的特征，或者自诉人未能充分证明该行为构成刑事犯罪。以下从多个角度进行详细分析：

1. 行为性质判断：

   • 刑事犯罪视角：若司机拿走运费的行为被认定为盗窃、诈骗等刑事犯罪，那么理论上应当由公安机关立案侦查，并由检察院提起公诉。然而，在此情况下，如果车主选择自诉，则需要承担证明司机行为构成刑事犯罪的举证责任。如果车主无法提供充分证据证明司机具有非法占有目的，且通过欺骗、秘密窃取等手段获取运费，那么法院可能难以认定该行为构成刑事犯罪。
   • 民事纠纷视角：从民事纠纷的角度来看，司机拿走运费可能构成违约或侵权。如果司机与车主之间存在运输合同关系，司机未按约定将运费交付给车主，则构成违约；如果司机通过非法手段获取运费，则可能构成对车主财产权的侵害。这类纠纷通常通过民事诉讼途径解决，由法院根据合同约定或法律规定判决司机承担返还运费、赔偿损失等民事责任。

2. 自诉与公诉的区别：

   • 自诉案件：自诉案件是指由被害人或者其法定代理人直接向人民法院提起诉讼，要求追究被告人刑事责任的案件。在自诉案件中，被害人需要承担举证责任，证明被告人构成刑事犯罪。如果被害人无法提供充分证据，法院可能不予受理或判决被告人无罪。
   • 公诉案件：公诉案件则是由公安机关立案侦查，检察院提起公诉，要求追究被告人刑事责任的案件。在公诉案件中，举证责任由检察院承担，检察院需要提供充分证据证明被告人构成刑事犯罪。

3. 法院偏向民事处理的可能原因：

   • 证据不足：如果车主作为自诉人，无法提供充分证据证明司机行为构成刑事犯罪，法院可能认为该行为更符合民事纠纷的特征，从而偏向民事处理。
   • 纠纷性质：如果司机拿走运费的行为更侧重于合同违约或财产权侵害，而非具有严重社会危害性的刑事犯罪，法院可能更倾向于通过民事诉讼途径解决纠纷。
   • 诉讼效率：民事诉讼程序相对简便快捷，能够更快地解决纠纷并保护当事人的合法权益。如果法院认为该纠纷更适合通过民事诉讼途径解决，可能会偏向民事处理以提高诉讼效率。

建议：

• 如果车主认为司机行为构成刑事犯罪，建议收集充分证据（如运输合同、运费支付记录、司机拿走运费的证据等）并向公安机关报案，由公安机关立案侦查并移送检察院审查起诉。
• 如果车主认为该纠纷更适合通过民事诉讼途径解决，可以向法院提起民事诉讼，要求司机返还运费并赔偿损失。在民事诉讼中，车主需要承担举证责任，证明司机存在违约或侵权行为。

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