结论：针对您提出的“雇佣的司机拿着车主运费跑路了，能否报警”的问题，可以报警，但需根据具体情况判断是否构成刑事犯罪或属于民事纠纷，进而决定后续处理方式。以下从不同角度为您详细分析：
一、报警的法律依据与可行性
刑事犯罪角度：
- 如果司机拿走运费的行为涉嫌诈骗（即司机以非法占有为目的，通过虚构事实或隐瞒真相的方法，骗取车主的运费）或职务侵占（如果司机是车主雇佣的员工，利用职务上的便利，将车主的运费非法占为己有），则车主可以报警，公安机关会依法进行调查处理。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，诈骗公私财物，数额较大的，构成诈骗罪；公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，构成职务侵占罪。
民事纠纷角度：
- 如果司机与车主之间只是存在一般的雇佣关系，司机拿走运费的行为不构成刑事犯罪，而是属于民事纠纷（如违约、侵占等），车主仍然可以报警，但公安机关可能只会进行调解或建议车主通过民事诉讼途径解决。
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人之间因合同关系产生的纠纷，可以通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
二、报警后的处理流程
立案调查：
- 公安机关在接到报警后，会进行初步调查，判断是否构成刑事犯罪。如果构成刑事犯罪，会依法立案侦查。
- 如果不构成刑事犯罪，但属于治安案件或民事纠纷，公安机关会告知车主通过其他途径解决。
调解与诉讼：
- 对于民事纠纷，公安机关可能会组织双方进行调解。如果调解成功，双方可以签订调解协议，并履行协议内容。
- 如果调解不成功或车主不愿意调解，车主可以向人民法院提起民事诉讼，要求司机返还运费并承担相应的法律责任。
三、建议与注意事项
收集证据：
- 在报警前，车主应尽可能收集与司机拿走运费相关的证据，如雇佣合同、运费支付凭证、司机身份信息、沟通记录等。这些证据将有助于公安机关进行调查和判断。
及时报警：
- 一旦发现司机拿走运费并失联，车主应尽快报警。及时报警有助于公安机关尽快介入调查，提高追回运费的可能性。
考虑法律途径：
- 如果报警后问题未得到解决，车主应考虑通过民事诉讼途径维护自己的合法权益。在提起诉讼前，车主可以咨询专业律师，了解诉讼流程和注意事项。
预防措施：
- 为了避免类似情况再次发生，车主在雇佣司机时应签订详细的雇佣合同，明确双方的权利和义务。同时，车主可以要求司机提供担保或购买相关保险，以降低风险。
总结：雇佣的司机拿着车主运费跑路了，车主可以报警。但需根据具体情况判断是否构成刑事犯罪或属于民事纠纷，进而决定后续处理方式。在处理过程中，车主应收集证据、及时报警，并考虑通过法律途径维护自己的合法权益。如果您在此过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。