核心结论：司机拿了车上的运费，车主可以通过协商、投诉、诉讼等途径来维护自身权益，具体如下：

1. 协商解决

   • 沟通协商：车主可以首先尝试与司机进行友好沟通，了解司机拿走运费的具体原因。也许存在一些误会或者特殊情况，比如司机认为运费计算有误、存在额外的费用需要扣除等。通过坦诚的交流，双方有可能达成一致，司机主动退还运费或者与车主就运费问题重新协商出一个合理的解决方案。
   • 书面协议：如果协商达成一致，为了避免后续再次出现纠纷，车主可以与司机签订一份书面的协议，明确双方对于运费的处理结果以及各自的权利和义务。例如，约定司机在某个特定日期前退还运费，若逾期未退还则需承担一定的违约责任等。

2. 投诉举报

   • 向运输公司投诉：如果司机是受雇于某家运输公司，车主可以向该运输公司进行投诉。运输公司有管理和监督其员工的责任，对于司机的不当行为，公司应当进行调查处理。车主需要向运输公司提供相关的证据，如运输合同、运费支付凭证、与司机的沟通记录等，以便公司能够准确了解情况并采取相应的措施。
   • 向行业主管部门投诉：车主还可以向交通运输管理部门等相关行业主管部门进行投诉。这些部门负责对运输行业进行监管，对于司机的违规行为有权进行查处。车主在投诉时需要详细说明事情的经过，并提供充分的证据，主管部门会根据相关规定进行调查处理，并给予车主相应的答复。

3. 法律诉讼

   • 收集证据：如果协商和投诉都无法解决问题，车主可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。在提起诉讼之前，车主需要收集充分的证据来支持自己的主张。这些证据可以包括运输合同、运费支付凭证、与司机的沟通记录（如短信、微信聊天记录、通话录音等）、证人证言等。证据越充分，车主在诉讼中获胜的可能性就越大。
   • 确定管辖法院：车主需要根据相关法律规定确定有管辖权的法院。一般来说，运输合同纠纷可以由运输始发地、目的地或者被告住所地的人民法院管辖。车主可以选择对自己最为方便的法院提起诉讼。
   • 撰写起诉状并提起诉讼：车主需要撰写一份详细的起诉状，明确自己的诉讼请求、事实和理由，并向法院提交相关的证据材料。法院在受理案件后，会安排开庭审理，双方当事人可以在法庭上进行陈述、举证、质证和辩论。法院会根据双方提供的证据和法律规定作出判决。如果司机不履行判决，车主可以向法院申请强制执行。

核心前提：此场景下，司机与车主之间存在运输合同关系，司机有义务按照合同约定将货物运输到指定地点并交付给收货人，同时车主有义务按照约定支付运费。司机拿走车上的运费属于违反合同约定的行为，损害了车主的合法权益。