结论：在仲裁案中，如果被申请人代付款未提反诉而仅做抗辩，且仲裁庭没有确认该代付款，被申请人通常是可以另诉的，但具体还需根据案件情况和相关法律规定来判断。
分析说明：
仲裁与诉讼的独立性：
- 仲裁和诉讼是两种独立的争议解决方式。仲裁庭的裁决通常具有终局性，但这主要针对的是仲裁庭已经审理并作出裁决的事项。
- 如果仲裁庭没有对某项争议（如被申请人主张的代付款）进行审理或确认，这并不意味着该争议不能通过其他途径（如诉讼）来解决。
代付款的抗辩与反诉：
- 抗辩是被告针对原告的诉讼请求提出的反驳或防御，它通常不涉及新的诉讼请求。
- 反诉则是被告在诉讼中向原告提出的独立的诉讼请求。如果被申请人在仲裁中未提反诉而仅做抗辩，且仲裁庭未确认其代付款主张，这并不影响其在后续诉讼中提出该主张。
另诉的可能性与限制：
- 一般来说，如果仲裁庭没有对某项争议进行审理或确认，被申请人是有权在诉讼中提出该争议的。
- 但需要注意的是，如果仲裁协议或仲裁裁决中明确排除了诉讼的可能性，或者存在其他法律上的限制（如一事不再理原则），则被申请人可能无法另诉。
- 此外，如果代付款问题与仲裁裁决中的其他事项存在紧密关联，且仲裁裁决已经对整体争议作出了处理，那么另诉可能会受到一定的限制。
实际操作建议：
- 在决定是否另诉前，被申请人应仔细审查仲裁协议、仲裁裁决以及相关法律法规，以确定是否存在另诉的法律障碍。
- 如果决定另诉，被申请人应准备充分的证据来支持其代付款主张，并考虑在诉讼中提出适当的诉讼请求和抗辩。
特殊场景：
- 如果仲裁裁决已经明确排除了对代付款问题的审理或确认，并且该裁决具有终局性，那么被申请人可能无法通过诉讼来重新审理该问题。
- 如果代付款问题与仲裁裁决中的其他事项存在不可分割的关联，且仲裁裁决已经对整体争议作出了全面处理，那么另诉可能会被视为重复诉讼而遭到驳回。
行动建议：
- 如果你作为被申请人面临这样的情况，建议首先咨询专业律师（即我，吴承谦律师，专注于婚姻家庭、刑事辩护、劳动纠纷、房产纠纷、合同纠纷、交通事故领域），对仲裁协议、仲裁裁决以及相关法律法规进行全面审查。
- 根据审查结果，我们可以共同制定合适的诉讼策略，以最大程度地维护你的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。