总公司开发票而分公司收款，在符合特定条件下是合法的。具体分析如下：

1. 税务与法律合规性
   根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则，发票的开具应与实际经营业务相符。若总公司与分公司之间存在合法的内部资金调拨或委托收款协议，且业务实质由总公司承接（如合同签订方为总公司），则总公司开具发票、分公司收款的行为不违反税法规定。但需确保：

   • 分公司收款后需及时将资金转交总公司，或通过内部账务处理明确资金归属；
     
   • 避免通过分公司收款逃避总公司纳税义务（如隐瞒收入、虚增成本等）。

2. 合同与业务实质匹配性
   若合同主体为总公司，但实际履行方为分公司（如分公司提供服务或交付货物），则需在合同中明确约定“由分公司实际履行，总公司开具发票”。此时需注意：

   • 合同条款需清晰划分总公司与分公司的权利义务；
     
   • 分公司需具备独立核算能力，或与总公司建立规范的内部结算机制，以证明资金流向与业务实质一致。

3. 潜在风险与防范

   • 税务风险：若分公司收款后未及时转交总公司，或无法证明资金与业务对应关系，可能被税务机关认定为“虚开发票”或“隐瞒收入”，面临补税、罚款甚至刑事责任。
     
   • 法律风险：若合同相对方（如客户）对收款方与开票方不一致提出异议，可能引发合同纠纷。建议通过补充协议或书面说明，明确客户同意分公司代收款项。

建议操作步骤：

1. 签订内部协议：总公司与分公司签署《资金调拨/委托收款协议》，明确收款权限、资金归属及税务处理方式；
   
2. 完善合同条款：在与客户签订的合同中注明“由分公司代收款项，总公司开具发票”，并取得客户书面确认；
   
3. 保留证据链：保存资金划转凭证、业务履行记录（如送货单、服务确认单）等，以证明业务与资金流向一致；
   
4. 定期税务申报：分公司需按实际收入申报税费（如增值税、企业所得税），避免因税务申报不一致引发风险。

若涉及跨地区经营，还需关注分公司所在地税务机关对“异地收款”的具体要求（如是否需办理备案或预缴税款）。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。