高标准农田违法转包主要由农业农村主管部门进行处罚。具体分析如下：

1. 农业农村主管部门的职责
   根据《中华人民共和国农村土地承包法》第六十四条及《基本农田保护条例》相关规定，农业农村部门是农村土地承包经营及农田保护的主管部门，负责监督土地承包经营行为，查处违法转包、破坏农田等行为。若高标准农田被违法转包（如未经发包方同意、改变土地农业用途或损害土地质量），农业农村部门有权责令改正、没收违法所得，并处以罚款。

2. 其他可能涉及的部门

   • 自然资源部门：若转包行为涉及非法占用耕地、改变土地用途（如非农建设），自然资源部门可依据《土地管理法》第七十七条，责令退还土地、限期拆除地上建筑物，并处罚款。
     
   • 市场监管部门：若转包过程中存在合同欺诈、无照经营等市场违法行为，市场监管部门可依据《市场主体登记管理条例》等法规进行处罚。
     
   • 公安机关：若违法转包行为涉嫌非法转让、倒卖土地使用权罪（《刑法》第二百二十八条），公安机关将立案侦查，追究刑事责任。

3. 处罚依据与程序
   农业农村部门处罚时，需依据《农村土地承包法》第六十四条，先调查取证（如转包合同、土地现状照片等），确认违法事实后，作出《责令改正通知书》或《行政处罚决定书》，明确罚款金额（通常为违法所得的1-5倍）及整改期限。当事人对处罚不服的，可申请行政复议或提起行政诉讼。

建议：若您发现高标准农田被违法转包，可先向当地农业农村部门举报，并提供转包合同、土地现状等证据。若涉及土地用途改变或刑事犯罪，可同步向自然资源部门或公安机关反映。如有进一步疑问，欢迎直接向我咨询。