高标准农田违法分包转包的认定部门主要为农业农村主管部门，在涉及相关违法行为查处时，可能还会涉及市场监督管理部门、综合行政执法部门等，具体分情况说明如下：
- 农业农村主管部门
- 职责依据：高标准农田建设属于农业农村领域的重要工作，农业农村主管部门负责高标准农田建设的规划、指导、监督等管理工作。根据相关法律法规和政策规定，对于高标准农田建设过程中的分包转包行为是否合法合规，农业农村主管部门具有直接的认定和管理职责。例如，在《中华人民共和国农业法》以及农业农村部关于高标准农田建设的相关规章和规范性文件中，都明确了农业农村部门在农田建设管理方面的权力。
- 认定过程：农业农村主管部门在日常的监督检查、项目验收等工作中，如果发现高标准农田建设项目存在分包转包情况，会依据相关规定和标准进行审查判断。比如审查分包转包是否经过了合法的程序、是否符合合同约定、是否影响了工程质量等。如果认定存在违法分包转包行为，农业农村主管部门有权责令改正，并可根据情节轻重给予相应的行政处罚。
- 市场监督管理部门
- 职责依据：市场监督管理部门负责对市场主体的经营行为进行监督管理，维护市场秩序。在高标准农田建设项目中，如果分包转包行为涉及到市场主体的虚假宣传、不正当竞争、违反市场准入规定等与市场经营秩序相关的问题，市场监督管理部门有权进行查处。例如，如果承包方在分包转包过程中存在虚假标注资质、恶意低价竞争等行为，就可能违反了市场监督管理方面的法律法规。
- 认定过程：市场监督管理部门在接到相关举报或在日常巡查中发现高标准农田建设项目存在涉及市场经营秩序问题的分包转包行为时，会依据《中华人民共和国反不正当竞争法》《中华人民共和国市场主体登记管理条例》等相关法律法规进行调查核实。通过收集证据、询问当事人等方式，判断分包转包行为是否违法，并依法作出相应的处理决定。
- 综合行政执法部门
- 职责依据：在一些地区，为了整合执法资源，提高执法效率，成立了综合行政执法部门，集中行使多个部门的行政处罚权。如果高标准农田违法分包转包行为涉及到多个领域的违法行为，且当地已经将相关执法权划转至综合行政执法部门，那么综合行政执法部门就有权对该违法行为进行认定和查处。例如，某地区将农业农村、市场监管等部门涉及高标准农田建设方面的部分行政处罚权划转至综合行政执法部门，那么综合行政执法部门就可以对违法分包转包行为进行全面调查和处理。
- 认定过程：综合行政执法部门在接到关于高标准农田违法分包转包的举报或线索后，会按照法定的程序开展调查工作。他们会与相关部门进行沟通协调，获取必要的专业支持和技术鉴定，综合判断分包转包行为是否违法。在认定违法事实后，依法作出行政处罚决定，并监督违法当事人进行整改。