高标准农田建设违法分包问题，通常由县级以上地方人民政府农业农村主管部门或其委托的执法机构负责处理。以下是详细分析：

1. 农业农村主管部门的职责
   根据《中华人民共和国土地管理法》《农田建设项目管理办法》等规定，农业农村部门是高标准农田建设的主管部门，负责项目规划、实施、监督及违法行为查处。若发现违法分包（如转包给无资质单位、肢解发包等），农业农村部门有权依据《招标投标法》《建筑法》及地方性法规展开调查，责令整改、罚款，甚至移送司法机关。

2. 综合执法部门的参与
   部分地区已推行农业综合行政执法改革，农业农村领域的违法行为可能由新成立的农业综合行政执法支队（大队）统一查处。此类机构具备行政处罚权，可直接对违法分包行为立案处理。

3. 其他部门的协同

   • 自然资源部门：若违法分包涉及土地用途变更（如非农建设），需由自然资源部门介入。
     
   • 市场监管部门：若分包方无资质或存在虚假宣传，市场监管部门可依据《公司法》《反不正当竞争法》处理。
     
   • 纪检监察机关：若违法分包涉及公职人员贪腐，纪检监察机关将启动调查程序。

建议行动步骤：

1. 收集证据（如合同、付款记录、现场照片等）；
   
2. 向当地农业农村局或农业综合执法机构举报；
   
3. 若涉及多部门职责，可要求政府启动联合调查机制。
   

如有进一步细节需分析（如分包具体情形、地区差异等），可直接向我咨询，我将结合具体法规为您详细解答。