农业建设项目违法分包，一般由县级以上地方人民政府农业农村主管部门进行处罚。以下是对此问题的详细分析：

法律依据与处罚主体

根据《中华人民共和国农业法》及相关配套法规，农业建设项目的管理、监督与处罚通常归属于农业农村主管部门。当农业建设项目存在违法分包行为时，即违反了相关法律法规关于工程分包的规定，农业农村主管部门作为行业主管部门，有权对此类违法行为进行查处。

违法分包的具体情形与处罚

违法分包通常指的是承包单位将工程分包给不具备相应资质条件的单位，或者分包单位将其承包的工程再分包等行为。对于农业建设项目中的违法分包，农业农村主管部门可能会根据违法情节的严重程度，采取包括但不限于以下措施：

1. 责令改正：要求违法分包方立即停止违法行为，并采取措施纠正已造成的违法后果。
2. 罚款：根据违法情节的严重程度，对违法分包方处以一定数额的罚款。罚款的具体数额会根据相关法律法规的规定以及违法情节的实际情况来确定。
3. 没收违法所得：如果违法分包行为导致了违法所得的产生，农业农村主管部门有权没收这些违法所得。
4. 其他行政处罚：根据违法情节的严重程度，农业农村主管部门还可能采取其他行政处罚措施，如吊销资质证书、限制参与农业建设项目投标等。

实际操作中的注意事项

1. 证据收集：在查处违法分包行为时，农业农村主管部门需要收集充分的证据来证明违法事实的存在。这包括但不限于合同文件、分包协议、付款记录、现场照片或视频等。
2. 程序合法：农业农村主管部门在查处违法分包行为时，必须遵循法定程序，确保处罚决定的合法性和有效性。这包括告知当事人违法事实、处罚依据和拟作出的处罚决定，听取当事人的陈述和申辩，以及依法作出处罚决定等。
3. 跨部门协作：在某些情况下，农业建设项目的违法分包行为可能涉及多个部门的管理职责。此时，农业农村主管部门需要与其他相关部门进行协作，共同查处违法行为，确保农业建设项目的顺利进行和农业生产的稳定发展。

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