针对您提出的问题“高标准农田不达标由哪个部门处罚”，这主要取决于具体的违规行为和所在地的相关法规。以《甘肃省高标准农田建设管理条例》为例，我可以给您一个大致的解答框架。

在高标准农田的建设和管理中，若存在不达标或违规行为，处罚机关和方式会根据违规行为的性质而有所不同。以下是一些可能的违规情形及对应的处罚机关：

1. 破坏种植条件或造成土地荒漠化、盐渍化：

   • 违规情形：在高标准农田区域内建窑、建坟或者擅自建房、挖砂、采石、采矿、取土等。
   • 处罚机关：由县级以上人民政府自然资源主管部门、农业农村主管部门等按照职责责令限期改正或者治理，并可以并处罚款。若构成犯罪，则依法追究刑事责任。

2. 造成土壤污染：

   • 违规情形：向高标准农田排放重金属或者其他有毒有害物质含量超标的污水、污泥，以及可能造成土壤污染的清淤底泥、尾矿、矿渣等。
   • 处罚机关：由生态环境主管部门责令改正，并处以罚款。情节严重的，罚款金额会更高，并可能将案件移送公安机关依法处罚。有违法所得的，还会被没收违法所得。

3. 非法占用高标准农田：

   • 违规情形：非法占用高标准农田发展林果业、挖塘养鱼等。
   • 处罚机关：由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正。逾期不改正的，将按占用面积处以罚款。若破坏种植条件，则依照《中华人民共和国土地管理法》的规定处罚。

需要注意的是，不同省份和地区可能会有自己的高标准农田建设管理条例或相关规定，具体的处罚机关和方式可能会有所不同。因此，在实际操作中，建议您参考当地的相关法规和政策文件，或者咨询当地的农业农村主管部门、自然资源主管部门或生态环境主管部门等，以获取最准确的信息和指导。