遇到高标准农田建设不合格的问题，您可以向以下部门反映并寻求解决：

1. 当地农业农村部门
   农业农村部门是高标准农田建设的主管部门，负责项目的规划、实施、验收及后续管理。若发现建设质量不达标（如土地平整、灌溉排水、田间道路等不符合设计标准），可直接向当地农业农村局或乡镇农业服务中心投诉，要求其督促整改或重新验收。

2. 自然资源部门
   若建设过程中存在土地用途变更违规（如占用基本农田、破坏耕地层等），可向自然资源局（原国土资源局）举报。自然资源部门负责土地资源管理，有权对违法用地行为进行查处并恢复土地原状。

3. 市场监督管理部门
   如果建设不合格与材料质量、施工工艺等直接相关（如使用劣质水泥、管道漏水等），可向市场监督管理局投诉。该部门负责监管工程质量及材料合规性，可对施工单位或材料供应商进行调查并处罚。

4. 纪检监察部门
   若怀疑建设过程中存在贪污腐败、权钱交易等违法行为（如虚报工程量、套取补贴资金），可向当地纪委监委举报。纪检监察部门会介入调查，追究相关人员责任。

行动建议：

• 收集证据：保留施工合同、验收报告、现场照片或视频等材料，证明建设不合格的具体情况。
  
• 逐级反映：优先向直接负责的农业农村部门投诉，若未获解决，可向上级部门（如市、省农业农村厅）或政府信访办申诉。
  
• 法律途径：若因建设不合格导致经济损失（如农作物减产），可依据《民法典》中“建设工程合同”相关规定，向法院起诉施工单位或发包方要求赔偿。
  

提示：高标准农田建设涉及公共利益，相关部门有义务及时处理。若遇到推诿，可要求对方出具书面答复并注明处理时限，作为后续维权依据。如有其他细节需要进一步分析，欢迎随时向我咨询。