结论：农民工签合同按工作进度预付工资，中途辞工后能否结清工资，需视具体情况和合同约定而定。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先：

   • 如果农民工与用人单位签订的劳动合同中明确约定了工资支付方式，包括按工作进度预付工资以及中途辞工后的工资结算方式，那么双方应严格按照合同约定执行。
   • 例如：合同中可能规定，若农民工中途辞工，已完成工作部分的工资应按实际完成量结算，并在辞工后一定期限内支付。

2. 法律法规保障：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者有权获得劳动报酬，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
   • 具体规定：即使农民工中途辞工，用人单位也应根据其实际提供的工作量，按照合同约定的工资标准支付工资。若合同未明确约定，则应参照行业惯例或当地劳动部门的规定进行结算。

3. 实际操作建议：

   • 保留证据：农民工在辞工前，应尽可能保留好与用人单位签订的劳动合同、工作记录、工资支付凭证等证据，以便在发生纠纷时维护自己的合法权益。
   • 协商解决：在辞工时，农民工应与用人单位就工资结算问题进行友好协商，尽量达成一致意见。若协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   • 法律途径：若通过协商和投诉仍无法解决问题，农民工可以向法院提起诉讼，要求用人单位支付应得的工资。

4. 特殊情况考虑：

   • 如果农民工因个人原因（如违反公司规章制度、严重失职等）被用人单位辞退，且合同中明确规定了此类情况下的工资支付方式，那么应按照合同约定执行。
   • 例如：合同中可能规定，若农民工因个人原因被辞退，用人单位有权扣除一定比例的工资作为违约金或赔偿金。但这一规定必须合法合理，且不得违反法律法规的强制性规定。

总结与建议：农民工在签合同按工作进度预付工资的情况下，中途辞工后能否结清工资，主要取决于合同约定和法律法规的规定。因此，建议农民工在签订劳动合同时，务必仔细阅读合同条款，特别是关于工资支付和辞工结算的部分。在辞工时，应与用人单位进行友好协商，并保留好相关证据。若发生纠纷，可以及时向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，必要时也可以向法院提起诉讼。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。