合同甲方盖的公章而乙方盖的合同章，在符合法律规定和合同约定的情况下，是有效的。不过，合同效力问题需结合具体情况综合判断，以下从不同角度为你详细分析：

一、合同成立与生效的基本条件

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明，双方当事人的签字或盖章是合同生效的重要条件，它体现了双方对合同内容的认可和接受。在合同上加盖公章或合同章，是法人或组织表达其意思表示的一种方式，具有法律效力。

二、不同盖章情况下的合同效力分析

1. 双方均使用有效印章

   • 如果合同上甲方盖了公章，乙方盖了合同章，且这些印章都是真实、有效、合法的，那么这份合同在形式上就是完备的，符合法律规定的成立和生效条件。只要合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，合同就是有效的。

2. 乙方合同章效力问题

   • 合同章是法人或组织在签订合同时使用的专用章，它代表了法人或组织的意志。只要乙方合同章的加盖是出于乙方的真实意思表示，且乙方对该合同章的使用有合法授权，那么乙方盖合同章的行为就是有效的，合同也因此成立并生效。

3. 特殊情况下的合同效力

   • 尽管双方均使用了有效印章，但如果合同内容存在违法或违背公序良俗的情况，那么合同仍然是无效的。例如，合同中约定的交易内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者合同的目的损害了社会公共利益等。
   • 另外，如果合同中存在重大误解、显失公平、欺诈、胁迫等情形，导致一方当事人在订立合同时意思表示不真实，那么受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构撤销该合同。

三、综合判断与建议

1. 核实印章的真实性和合法性

   • 在签订合同时，双方应核实对方使用的印章是否真实、有效、合法。可以通过查询对方企业的工商登记信息、印章备案信息等方式进行核实。

2. 审查合同内容

   • 双方应仔细审查合同内容，确保合同条款明确、具体、合法，不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。

3. 保留证据

   • 在合同履行过程中，双方应保留好与合同相关的证据，如交货凭证、付款凭证、沟通记录等。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用。

4. 及时咨询专业律师

   • 如果在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题或疑虑，建议及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况提供专业的法律意见和建议，帮助你规避法律风险。

举例说明：假设甲乙双方签订了一份买卖合同，甲方盖了公章，乙方盖了合同章。如果合同内容合法合规，且双方均对合同内容无异议，那么这份合同就是有效的。如果后来因为货物质量问题发生纠纷，双方可以根据合同约定和法律规定来处理纠纷。

总之，合同甲方盖的公章而乙方盖的合同章，在符合法律规定和合同约定的情况下是有效的。但为了确保合同的合法性和有效性，双方在签订合同时应谨慎处理每一个环节。如果你在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。