结论：甲方使用合同专用章、乙方使用公章签订的合同，在符合一定条件下是有效的。以下从多个角度进行详细分析：
一、合同专用章与公章的法律效力基础
合同专用章：
- 企业依法刻制并备案的合同专用章，在日常经营中用于签订合同，通常具备法律效力。只要合同内容合法、双方意思表示真实，且加盖的合同专用章真实有效，该合同即对双方具有约束力。
公章：
- 公章是法人权利的象征，在签订合同时，使用公章同样具有法律效力。公章的使用范围广泛，包括但不限于签订合同、出具证明文件等。
二、合同有效的具体情形
双方均使用合法印章：
- 若甲方使用依法刻制并备案的合同专用章，乙方使用合法有效的公章，且合同内容合法、双方意思表示真实，则该合同有效。例如，甲公司依法刻制并备案了合同专用章，乙公司使用其公章，双方签订了一份销售合同，且合同内容符合法律规定，则该合同对双方均具有约束力。
交易习惯认可：
- 在长期商业往来中，若交易双方已形成使用特定印章的习惯，即使该印章存在形式瑕疵（如未备案但长期使用），但双方均认可其效力，则合同仍可能被认定有效。不过，这种情形下的有效性可能因具体案件和法院的判断而有所不同。
三、合同可能无效的情形
印章伪造或非法使用：
- 若甲方使用的合同专用章或乙方使用的公章系伪造，或未经授权非法使用，则该印章不具有法律效力。例如，丙伪造甲公司的合同专用章与乙公司签订合同，乙公司不知情，则此合同对甲公司不发生效力。
合同内容违法：
- 即使双方均使用了合法印章，但若合同内容违反法律法规的强制性规定（如涉及非法经营、走私等违法活动），则合同整体无效，印章的使用亦无法律效力。
四、法律建议
确保印章合法有效：
- 在签订合同时，务必确保所使用的印章（无论是合同专用章还是公章）均真实、合法、有效。对于合同专用章，应确保其已依法刻制并备案；对于公章，应确保其为企业合法使用的印章。
审查合同内容：
- 除了关注印章的真实性外，还应仔细审查合同内容，确保其符合法律法规的要求，不违背公序良俗。避免签订涉及违法活动的合同，以免给自己带来不必要的法律风险。
保留证据：
- 在签订合同过程中，应保留好相关证据（如合同文本、印章使用记录等），以便在发生纠纷时能够证明自己的权益。
若您在合同签订或履行过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。