合同专用章是有效的。合同专用章是单位在对外签订合同时专门使用的印章，只要它合法备案且在有效期内，能代表单位真实意愿，且合同内容合规、无欺诈胁迫等问题，那么合同在加盖合同专用章后即成立并生效。以下是对这一结论的详细解释：

1. 合同专用章的法律效力：

   • 合同专用章是单位对外签订合同时的专门用章，与公章在代表单位意志方面具有同等法律效力。
   • 加盖合同专用章表明双方当事人对订立合同的要约、承诺阶段的完成和对双方权利、义务的最终确认。

2. 合同专用章的使用要求：

   • 合同专用章需要经过依法备案，且在使用时需得到单位的有效授权。
   • 如果存在私刻合同专用章、超越授权范围使用等情形，可能导致合同效力存在瑕疵。

3. 合同效力的其他判断依据：

   • 除了合同专用章外，合同本身的内容是否合法、双方的意思表示是否真实等也是判断合同效力的重要依据。
   • 如果合同内容违反法律法规的强制性规定，或者存在欺诈、胁迫等可撤销情形，那么即使加盖了合同专用章，合同也可能无效。

4. 特殊情况下的合同效力：

   • 如果企业内部对合同专用章的使用有特殊规定，如需要特定审批程序，但并未按规定执行，这可能影响合同在企业内部的效力认定。
   • 然而，这通常不影响合同对外部相对人的有效性。即只要外部相对人有理由相信合同专用章的真实性，且合同内容合规，那么合同对外部相对人仍然有效。

综上所述，合同专用章在合法备案、有效期内，且代表单位真实意愿的情况下，加盖在合同上是有效的。但同时也需要注意合同内容的合法性和双方意思表示的真实性等其他判断依据。如果您在合同签订或履行过程中遇到任何问题，欢迎随时向我咨询。