不盖公章而盖合同专用章，合同通常是有效的。以下是对这一问题的详细分析：
合同有效的法律依据与情形
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明，盖章（包括合同专用章）是合同成立的有效方式之一，并不局限于公章。
合同专用章的法律效力：
- 合同专用章是企业为签订合同而专门刻制的印章，它代表了企业的意愿和承诺。只要合同内容合法，双方意思表示真实，并加盖了合同专用章，该合同即具有法律效力。
实际履行确认效力：
- 若双方虽未在合同上加盖公章，但一方已履行合同主要义务且另一方接受，则合同视为成立并生效。这种实际履行行为构成对合同的默认确认，进一步证明了合同的有效性。
交易习惯或行业惯例的认可：
- 在特定交易场景或行业中，可能存在不加盖公章也认定合同有效的惯例。若双方长期以此方式交易且彼此信任，合同可被认定为有效。
合同无效或效力待定的特殊情形
合同内容违法或违背公序良俗：
- 如果合同内容违反法律、行政法规的强制性规定，或违背公序良俗，如买卖毒品、以合法形式掩盖非法目的等，则无论是否盖章，合同均属无效。
无权代理且未被追认：
- 若签订合同的人未经公司授权，且公司事后未对合同进行追认，则合同对公司无效。此时，合同责任由无权代理人自行承担。例如，张三未经公司授权擅自以公司名义签订合同且未加盖公章，公司明确不认可，则合同对公司无效。
主体资格要求盖章的特殊情况：
- 某些合同根据法律规定、当事人约定或其性质，必须加盖公章才能生效。如国有企业重大资产转让等，需遵循特定审批程序并加盖公章。若未满足这些要求，合同可能不生效。
应对建议与争议处理
检查合同内容与印章真实性：
- 在签订合同前，应仔细审查合同内容，确保其合法性及双方意思表示的真实性。同时，要核实合同专用章的真实性，可通过与公司相关部门或人员联系进行确认。
保留证据材料：
- 合同签订后，应妥善保管合同原件及相关证据材料，如双方往来的函件、聊天记录、履行合同的相关凭证等。这些证据在日后可能出现的纠纷中将起到关键作用。
协商解决争议：
- 若对合同效力产生争议，首先应进行友好协商，明确双方对合同的理解和意愿。如能达成一致意见，可签订补充协议进一步明确合同效力和履行方式。
法律途径解决争议：
- 协商不成时，可根据合同约定选择诉讼或仲裁方式解决争议。若合同中未约定仲裁条款，可向有管辖权的人民法院提起诉讼；若约定了有效的仲裁条款，则应向约定的仲裁机构申请仲裁。
综上所述，不盖公章而盖合同专用章，合同通常是有效的。但关键在于确保合同内容的合法性、双方意思表示的真实性以及印章的真实性。在出现争议时，应通过协商、收集证据或法律途径进行妥善处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。