甲公司的合同上盖了乙公司的章，这份合同的效力不能一概而论，需要分情况讨论。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、合同可能无效的情形
缺乏双方真实意思表示：
- 合同是双方当事人意思表示一致的产物。如果甲公司并未授权乙公司使用其名义签订合同，或者乙公司未经甲公司同意擅自使用其印章，那么这份合同可能因缺乏甲公司的真实意思表示而无效。因为合同的成立需要双方当事人的共同确认和同意，缺少任何一方的真实意思表示，合同都无法生效。
存在欺诈或恶意串通：
- 如果乙公司故意使用甲公司的名义并加盖自己的印章，以欺骗合同相对方或与其他方恶意串通损害甲公司或第三人的利益，那么这份合同可能因存在欺诈或恶意串通而无效。例如，乙公司可能为了获取不正当利益，伪造甲公司的合同并加盖自己的印章，与不知情的第三方签订合同，这种情况下合同是无效的。
二、合同可能有效的情形
构成表见代理：
- 如果乙公司具有使相对人相信其有权代表甲公司进行签约的表象，且相对人主观上是善意且无过失的，那么可能构成表见代理。在这种情况下，即使合同上盖的是乙公司的章，但相对人有合理理由相信乙公司有权代表甲公司签约，那么这份合同对甲公司仍然有效。例如，甲公司长期派乙公司的员工与其客户进行业务往来，该员工在授权到期后仍以甲公司名义签订合同并加盖乙公司印章，若客户有合理理由相信该员工有代理权，则合同对甲公司有效。
甲公司事后追认：
- 即使合同上盖的是乙公司的章，但如果甲公司事后通过书面声明或实际履行（如交付货物、支付款项）等方式对该合同进行了追认，表明愿意受合同约束，那么这份合同也是有效的。例如，乙公司以甲公司名义签订合同并加盖自己的印章，甲公司后来发现合同内容对其有利，便通过书面声明或实际行为追认了该合同，那么这份合同就具有法律效力。
实际履行达成合意：
- 双方虽在合同签订时存在盖章不一致的情况，但如果已按合同约定实际履行了主要义务，且对方接受，那么视为双方就合同内容达成了合意，合同有效。例如，甲公司与丙公司洽谈业务，合同写甲方为甲公司但盖章为乙公司（乙公司为甲公司关联公司），甲公司后续按合同约定履行了义务，丙公司也接受了，那么这份合同就是有效的。
三、法律建议与风险提示
- 核实身份与授权：在签订合同时，务必核实对方当事人的身份和授权情况，确保合同上的盖章与合同主体一致，避免因盖章不一致而引发纠纷。
- 明确合同内容：在合同中明确约定双方的权利和义务，以及违约责任等条款，确保合同内容合法、真实、有效。
- 及时追认或否认：如果发现合同上盖章不一致的情况，应及时与对方沟通并明确态度。如果愿意受合同约束，应及时进行追认；如果不愿意受合同约束，应及时否认并采取措施防止损失扩大。
- 保留证据：在合同履行过程中，务必保留好相关证据，如交货凭证、付款凭证、沟通记录等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
综上所述，甲公司的合同上盖了乙公司的章，这份合同的效力取决于多种因素。在实际操作中，应谨慎处理此类情况，确保合同的合法性和有效性。如果你对此类问题还有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。