结论前置：甲方的合同章盖在了乙方位置上，合同的效力不能一概而论，需根据具体情况判断。若双方均认可且无异议，合同通常有效；若一方提出异议，则合同的效力可能受影响，需通过协商或法律途径解决。以下是对此问题的详细分析：
一、合同成立与生效的基本条件
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。这表明，双方当事人的签字或盖章是合同生效的必要条件之一，它体现了双方对合同内容的认可和接受。
二、甲方合同章盖在乙方位置上的合同效力分析
双方均认可且无异议的情况
- 如果双方对合同内容无异议，并都认可甲方合同章盖在乙方位置上的事实，那么合同的效力通常不受影响。因为双方以实际盖章行为表达了对合同条款的接受，即使盖章位置有误，也不妨碍合同的核心要素和双方的真实意思表示。
- 建议：为避免后续纠纷，双方可以签订补充协议，明确说明盖章位置错误但不影响合同效力，以及合同将继续按原约定履行。
一方提出异议的情况
- 如一方认为盖章位置错误影响了合同的正常履行或效力，可能引发争议。例如，可能导致对合同主体的误认，或者一方可能以此为由主张合同未成立或无效。
- 法律分析：在此情况下，双方应首先尝试协商解决。若协商无果，可能需要通过法律途径确定合同的效力和履行方式。法院或仲裁机构将综合考虑合同的实际履行、双方真实意思、条款完整性等因素作出判断。若能证明双方有订立合同的意愿且主要条款明确，即便盖章位置有误，合同也可能被认定有效，但可能需要对盖章问题进行调整或明确。
合同仅有一方盖章的情况
- 若合同仅有甲方盖章（且盖在了乙方位置上），而乙方尚未盖章，此时合同通常未成立生效。因为合同的成立一般需要双方的合意并通过签字或盖章确认。
- 建议：在此情况下，建议及时更正盖章位置，并由乙方在相应位置盖章，以确保合同的合法有效性。
三、补救措施与风险防范
补救措施
- 如果发现盖章错误，可以采取以下补救措施：使用新合同重新盖章；或与对方协商，在原合同上注明盖章错误并签字确认。
风险防范
- 为避免类似纠纷的发生，建议在签订合同时，双方都应严格按照法定或约定的方式进行签字、盖章或按指印。
- 合同文本应清晰、准确，避免出现模糊或歧义的条款。
- 对于重要的合同，可以考虑在签订前进行法律审查，以确保合同的合法性和有效性。
总结与建议：甲方的合同章盖在了乙方位置上时，合同的效力需根据具体情况判断。若双方均认可且无异议，合同通常有效；若一方提出异议，则可能引发争议并需要通过协商或法律途径解决。为避免类似纠纷的发生，建议在签订合同时严格遵守法定或约定的签字、盖章程序，并在发现盖章错误时及时采取补救措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。