休年假补助一般是不应该被扣除的。以下从不同角度为你详细分析：
法律角度
根据《职工带薪年休假条例》以及相关劳动法律法规的规定，职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。这意味着，职工休年假时，用人单位应当按照职工正常工作期间的工资标准支付工资，不得随意扣除。如果用人单位在职工休年假期间扣除了补助或工资，这可能构成违法行为，职工有权向劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
实际操作角度
合同约定：虽然法律有明确规定，但具体到每个用人单位，可能还会有一些内部的规章制度或劳动合同中的特别约定。不过，这些约定不能违反法律法规的强制性规定。如果劳动合同或规章制度中明确规定了休年假期间不支付补助或扣除工资，那么这种约定是无效的，因为违反了法律法规。
特殊情况：当然，也存在一些特殊情况。比如，如果职工在休年假期间同时享受了其他福利待遇（如旅游津贴、奖金等），而这些福利待遇与年假补助有重叠或冲突，那么用人单位可能会根据内部规定进行调整。但这种情况比较少见，且需要用人单位有明确的规章制度作为依据，并且该规章制度需要经过民主程序制定并公示给职工。
建议与后果
建议：如果你发现用人单位在休年假期间扣除了你的补助或工资，首先可以与用人单位进行沟通协商，要求其按照法律法规和劳动合同的规定支付工资。如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助。
后果：如果用人单位确实存在违法行为，劳动监察部门有权对其进行处罚，并要求其补发职工的工资和补助。同时，职工也有权要求用人单位支付经济补偿金或赔偿金等。
总结来说，休年假补助一般是不应该被扣除的。如果用人单位扣除了你的补助或工资，你可以先与其沟通协商，如果无果则可以通过法律途径维护自己的合法权益。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，可以直接向我咨询。