年休假期间不应当扣工资。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条的规定：“劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。”虽然该条款未直接提及年休假，但年休假作为劳动者的合法权益之一，其性质与法定休假日相似，均属于劳动者应享有的休息休假权利。此外，《职工带薪年休假条例》第二条明确规定：“机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假（以下简称年休假）。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。”这一规定直接明确了年休假期间工资的正常发放原则。
二、年休假期间的工资计算方式
固定工资制员工：如果员工的工资是固定的，不受出勤天数影响，那么年休假期间应全额发放工资。例如，员工每月固定工资为5000元，无论其出勤多少天，年休假期间都应获得5000元的工资。
绩效工资制员工：对于实行绩效工资的员工，年休假期间的工资计算可能涉及基础工资和绩效工资的区分。通常，基础工资部分应正常发放，而绩效工资则可能因未实际工作而有所调整。然而，具体调整方式需依据公司政策和劳动合同约定执行，且不得违反法律法规的强制性规定。例如，员工的基础工资为3000元，绩效工资为2000元，年休假期间，员工应至少获得3000元的基础工资。
计件或计时工资制员工：这类员工的工资通常与实际工作量挂钩。在年休假期间，由于未提供实际劳动，因此不计发相应的计件或计时工资。但同样地，员工应享有与正常工作期间相同的基础工资或其他固定收入部分。例如，员工按件计酬，每件产品报酬为10元，年休假期间未生产产品，则不计发计件工资，但应获得基础工资或其他固定收入。
三、特殊情况下的处理
跨年度安排年休假：如果用人单位确因工作需要不能安排职工年休假或者跨1个年度安排年休假的，应征得职工本人同意，并按照该职工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。这意味着，即使年休假跨年度安排，员工在年休假期间仍应获得正常工资收入，且未休部分还需额外支付200%的工资作为补偿。例如，员工日工资为200元，若跨年度未休年休假，则除正常工资外，还需额外支付400元（200元*200%）作为补偿。
员工主动放弃年休假：如果员工因个人原因书面提出不休年休假，且用人单位已按照正常工资标准支付了工资，那么用人单位无需再额外支付未休年休假工资报酬。但需注意的是，这种放弃必须是员工自愿且书面的行为。例如，员工书面提出放弃年休假，并确认用人单位已支付正常工资，则用人单位无需再支付额外报酬。
综上所述，年休假期间员工应享受与正常工作期间相同的工资收入。若用人单位扣发年休假期间的工资，员工有权依法维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。