公司克扣员工计时工资是违法的，并且公司可能会因此受到相应的处罚。以下从多个角度为你详细分析：
法律背景
根据《中华人民共和国劳动法》以及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。计时工资作为劳动报酬的一种形式，同样受到法律的保护。公司克扣员工计时工资，无疑侵犯了员工的合法权益。
可能的法律后果
行政处罚：如果公司克扣员工工资的行为被劳动行政部门发现，劳动行政部门有权责令公司限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，劳动行政部门可以责令公司按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
民事赔偿：员工有权向公司主张被克扣的工资以及因此造成的其他损失。如果公司拒绝支付，员工可以通过劳动仲裁或诉讼等法律途径来维护自己的权益。在劳动仲裁或诉讼过程中，如果员工能够提供充分的证据证明公司存在克扣工资的行为，那么公司很可能需要承担相应的民事赔偿责任。
刑事责任（极端情况）：虽然一般情况下公司克扣工资不会构成刑事犯罪，但如果公司以转移财产、逃匿等方法逃避支付劳动者的劳动报酬或者有能力支付而不支付劳动者的劳动报酬，数额较大，经政府有关部门责令支付仍不支付的，可能构成拒不支付劳动报酬罪，需要承担刑事责任。
法律建议
收集证据：如果你发现公司存在克扣计时工资的行为，首先应当收集相关证据，如工资条、考勤记录、劳动合同等，以证明公司确实存在克扣工资的事实。
与公司协商：在收集到足够证据后，你可以尝试与公司进行协商，要求公司补发被克扣的工资。如果公司同意补发，那么问题可能得到妥善解决。
申请劳动仲裁或提起诉讼：如果公司拒绝补发工资或者协商无果，你可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁或者向人民法院提起诉讼，通过法律途径来维护自己的权益。
寻求法律援助：如果你在处理此类问题时感到困惑或者无助，可以寻求专业律师的法律援助。律师可以为你提供专业的法律意见和帮助，确保你的权益得到充分保障。
总之，公司克扣员工计时工资是违法的行为，并且可能会因此受到相应的处罚。如果你遇到此类问题，不要犹豫，及时采取措施来维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或者需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。