结论：公司辞退员工且已安排员工休完年假的情况下，一般不应扣减员工工资，但具体是否扣减需结合辞退原因、年假性质及公司规章制度综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、年假性质与工资支付原则

根据《企业职工带薪年休假实施办法》第十条：“用人单位经职工同意不安排年休假或者安排职工年休假天数少于应休年休假天数，应当在本年度内对职工应休未休年休假天数，按照其日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬，其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入。”
关键点：

1. 若公司已安排员工休完年假，则无需支付未休年假工资；
   
2. 员工休年假期间，公司应按正常工资标准支付工资，不得扣减。

二、辞退原因对工资扣减的影响

1. 合法辞退（如员工严重违纪）

   • 若公司因员工严重违反规章制度（如旷工、盗窃等）合法辞退，且年假已休完，公司无需额外支付补偿，但不得扣减已休年假期间的工资。
     
   • 法律依据：《劳动合同法》第三十九条，用人单位可因劳动者严重失职、营私舞弊等情形解除劳动合同，且无需支付经济补偿。

2. 违法辞退（如无合法理由）

   • 若公司违法辞退员工（如未提前30日通知、无合法理由等），员工可主张赔偿金（2N，N为工作年限），且已休年假期间的工资仍需全额支付。
     
   • 法律依据：《劳动合同法》第四十八条、第八十七条，用人单位违法解除劳动合同的，应支付赔偿金。

3. 协商一致解除

   • 若双方协商一致解除劳动合同，公司需按约定支付经济补偿（N或N+1），且已休年假工资不得扣减。
     
   • 法律依据：《劳动合同法》第三十六条、第四十六条，用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同的，应支付经济补偿。

三、公司规章制度的影响

1. 若公司规章制度明确规定“辞退时扣减已休年假工资”

   • 该条款可能因违反《劳动合同法》第二十六条（“用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的条款无效”）而被认定无效。
     
   • 结论：公司不得以规章制度为由扣减已休年假工资。

2. 若公司规章制度未涉及此情形

   • 公司无权单方面扣减工资，员工可主张全额支付。

四、实务建议

1. 对员工：

   • 保留劳动合同、工资条、年假安排通知等证据；
     
   • 若公司扣减工资，可先协商，协商不成可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

2. 对公司：

   • 辞退员工前应确保合法性（如固定违纪证据、履行通知程序）；
     
   • 避免在规章制度中设置违法条款（如扣减年假工资）；
     
   • 若需扣减工资，应与员工协商一致并签订书面协议。

总结：公司辞退员工且已安排休完年假的，原则上不得扣减工资。若公司违法辞退或规章制度违法，员工可主张全额支付工资及赔偿金。如有争议，建议直接向我咨询，我会结合具体证据提供进一步法律意见。