针对承兑汇票法院作出除权判决后，仅判决返还票据款而未返还合法有效票据的情况，可采取以下应对措施：

1. 理解除权判决的法律后果
   除权判决是法院根据公示催告程序作出的，宣告票据无效的判决。其法律效果是票据权利与票据本身分离，持票人丧失票据权利，但可依据判决向票据债务人主张票据金额。因此，法院在除权判决中通常不会要求返还票据原件，因为票据已被宣告无效，返还已无实际意义。

2. 核实判决内容是否合法
   若法院在除权判决中未返还票据，但判决内容符合法律规定（即仅判决返还票据款），则该判决本身是合法的。此时，您应重点关注判决是否明确载明了票据款金额、支付方式及期限等关键信息。若判决内容存在遗漏或错误，可依法申请再审或提起上诉。

3. 主张票据权利的替代方式
   由于票据已被除权，您无法再通过票据本身行使权利，但可依据除权判决向票据债务人（如出票人、承兑人等）主张票据金额。具体操作如下：

   • 向票据债务人出示除权判决：作为票据权利的证明，要求其履行付款义务。
     
   • 申请强制执行：若票据债务人拒不付款，可向法院申请强制执行，要求冻结其银行账户、查封财产等。
     
   • 追究相关责任：若票据遗失或被盗是由于他人过错导致，可依法向侵权人主张赔偿。

4. 防范潜在风险

   • 票据保管：若票据未实际遗失或被盗，而是被他人非法占有，应立即向公安机关报案，并保留相关证据（如票据复印件、交易记录等），以便后续追责。
     
   • 公告程序：在公示催告期间，若您未及时申报权利，可能导致票据被除权。因此，应密切关注票据到期日及公示催告程序，避免因疏忽丧失权利。
     
   • 法律救济：若认为除权判决存在错误（如程序违法、事实认定错误等），可在法定期限内申请再审或提起第三人撤销之诉，以维护自身合法权益。

5. 咨询专业律师
   若对除权判决或票据权利行使存在疑问，建议携带相关材料（如票据复印件、除权判决书、交易合同等）咨询专业律师，以便根据具体情况制定应对策略。