结论前置：主体工程未按图纸施工但发包方已使用的情况下，法律上主要涉及工程质量责任认定、工程款结算以及发包方使用行为的法律后果三个核心问题，需分情况讨论。

1. 工程质量责任认定

根据《民法典》第799条及《建设工程质量管理条例》第28条，承包方必须按照设计文件和施工技术标准施工，不得擅自修改工程设计。若主体工程未按图纸施工，无论发包方是否使用，承包方均构成违约，需承担以下责任：

• 修复责任：发包方有权要求承包方无偿修复至符合设计要求（《民法典》第801条）；
• 赔偿责任：若修复导致工期延误或发包方其他损失，承包方需赔偿（《民法典》第577条）；
• 行政处罚：住建部门可对承包方处以罚款、责令停业整顿等行政处罚（《建设工程质量管理条例》第64条）。

例外情形：若发包方书面同意变更设计（如通过签证、会议纪要等形式），则承包方不构成违约，但需确保变更后的工程符合强制性标准。

2. 工程款结算问题

发包方使用未按图纸施工的工程，可能被视为对工程质量的事实接受，但不影响其主张质量瑕疵的权利：

• 若工程存在质量问题：发包方有权拒付部分工程款（《民法典》第801条），或要求承包方减少价款（《民法典》第582条）；
• 若工程无质量问题：发包方仍需按合同约定支付工程款，但承包方需承担擅自变更设计的违约责任（如扣减违约金）。

关键点：发包方使用行为不直接等同于“验收合格”，需结合是否签署验收文件、是否提出质量异议等综合判断。

3. 发包方使用行为的法律后果

发包方在工程未验收的情况下擅自使用，根据《建设工程司法解释一》第14条，需承担以下风险：

• 转移风险时间点：以“转移占有建设工程之日”为竣工日期，承包方对地基基础和主体结构质量在合理使用寿命内仍需担责，但其他质量问题责任可能减轻；
• 举证责任倒置：发包方需证明质量问题非因使用不当造成，否则推定由承包方原因导致；
• 丧失部分抗辩权：发包方不得以“未验收”为由拒付工程款，但可主张质量修复费用或赔偿。

实务建议

1. 对承包方：

   • 立即固定证据（如施工记录、设计变更文件、发包方使用证明）；
     
   • 主动提出修复方案，避免损失扩大；
     
   • 协商签署补充协议，明确质量责任和价款调整。

2. 对发包方：

   • 委托第三方检测机构出具质量鉴定报告；
     
   • 在质保期内书面通知承包方维修；
     
   • 保留使用后产生损失的证据（如维修费用、第三方索赔等）。

提示：此类纠纷通常涉及复杂的技术鉴定和合同解释，建议根据具体证据材料进一步分析。若有相关文件或争议细节，可直接向我咨询，我会结合案例和司法实践为您制定应对策略。