工程未按图纸施工但已经投入使用，首先需要明确的是，这种行为可能涉及违约和违法两个层面的问题，具体处理方式需根据实际情况来判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、违约层面
合同约定：
- 如果工程合同中明确规定了必须按照图纸施工，并且对未按图纸施工的违约责任有具体约定，那么发包方（业主）有权依据合同要求承包方（施工单位）承担违约责任。
- 违约责任可能包括但不限于：要求承包方进行整改、赔偿因未按图纸施工造成的损失、支付违约金等。
整改与修复：
- 发包方可以要求承包方对未按图纸施工的部分进行整改，直至符合合同要求。
- 如果整改成本过高或无法整改，发包方可以要求承包方进行赔偿，赔偿金额通常根据实际损失来确定。
二、违法层面
建筑法规：
- 根据《中华人民共和国建筑法》等相关法律法规，施工单位必须按照设计文件（包括图纸）进行施工，不得擅自修改工程设计。
- 如果施工单位未按图纸施工，且该行为违反了建筑法规的强制性规定，那么施工单位可能面临行政处罚，如罚款、停业整顿、吊销资质证书等。
工程质量与安全：
- 未按图纸施工可能影响工程的质量和安全，如果因此造成工程质量事故或安全事故，施工单位将承担更严重的法律责任。
- 在这种情况下，除了行政处罚外，施工单位还可能面临民事赔偿和刑事责任。
三、已投入使用的情况
验收与交付：
- 如果工程已经投入使用，但未经正式验收或验收不合格，那么发包方可以依据合同和法律法规要求承包方承担责任。
- 即使工程已经投入使用，如果发现未按图纸施工的问题，发包方仍然有权要求承包方进行整改或赔偿。
使用后的发现：
- 如果工程在投入使用后才发现未按图纸施工的问题，发包方应尽快与承包方沟通，要求其进行整改或赔偿。
- 同时，发包方也可以考虑通过法律途径维护自己的权益，如提起诉讼或申请仲裁。
四、建议与措施
收集证据：
- 发包方应尽快收集与未按图纸施工相关的证据，如施工图纸、现场照片、验收报告等。
- 这些证据将有助于发包方在后续的沟通或法律程序中维护自己的权益。
与承包方沟通：
- 在发现未按图纸施工的问题后，发包方应首先与承包方进行沟通，要求其进行整改或赔偿。
- 如果沟通无果或承包方拒绝承担责任，发包方可以考虑采取法律措施。
寻求法律帮助：
- 如果发包方对如何处理未按图纸施工的问题感到困惑或无法与承包方达成一致，可以寻求专业律师的帮助。
- 律师将能够根据具体情况提供法律建议和解决方案，帮助发包方维护自己的权益。
综上所述，工程未按图纸施工但已经投入使用是一个复杂的问题，需要从多个角度进行分析和处理。如果您或您的企业面临类似的问题，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议和解决方案。