结论：到期后没有申请新的水产养殖许可证由此造成的损失是否应由养殖户自行承担，这并非一个绝对的问题，而是需要根据具体情况来判断。以下从几个角度进行分析：

1. 许可证的法定要求与责任：

   • 水产养殖许可证是从事水产养殖活动的法定凭证，养殖户在许可证到期后未及时申请新的许可证，可能构成违法经营。根据相关法律法规，违法经营可能会面临行政处罚，如罚款、责令停业整顿等。
   • 如果因未申请新许可证而导致养殖活动被叫停或受到其他行政处罚，由此产生的直接损失（如养殖物死亡、销售中断等）在一般情况下，可能需由养殖户自行承担，因为这是由于养殖户未履行法定义务所导致的。

2. 损失与未申请许可证的因果关系：

   • 并非所有损失都必然由养殖户自行承担。关键在于分析损失与未申请新许可证之间的因果关系。如果损失是由于其他不可抗力因素（如自然灾害、疫情等）或第三方行为（如偷盗、破坏等）导致的，且这些因素与未申请新许可证无直接关联，那么养殖户可能无需承担全部或部分损失。
   • 另外，如果政府或相关部门在许可证到期前未履行告知义务，或者存在其他行政不作为的情况，导致养殖户未能及时申请新许可证，那么养殖户在承担损失时也可能有权向相关部门追责。

3. 合同与保险的角度：

   • 如果养殖户与供应商、销售商等签订了相关合同，且合同中明确规定了因许可证问题导致的损失分担方式，那么应按照合同约定执行。
   • 养殖户还可以考虑购买相关保险（如水产养殖保险）来转移风险。如果购买了保险，且保险条款中涵盖了因许可证问题导致的损失，那么养殖户可以向保险公司申请理赔。

4. 实际操作建议：

   • 养殖户应密切关注许可证的到期时间，并提前准备申请新许可证的相关材料，确保及时申请。
   • 在养殖过程中，应加强风险管理，如购买保险、建立应急预案等，以减轻因各种风险导致的损失。
   • 如果因未申请新许可证而面临行政处罚或损失，养殖户应积极与相关部门沟通协商，寻求合理的解决方案。

总结与建议：到期后没有申请新的水产养殖许可证由此造成的损失是否应由养殖户自行承担，需根据具体情况判断。养殖户应增强法律意识，及时申请新许可证，并加强风险管理以减轻潜在损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。