结论：在民事养殖合同到期公司违约没来回收，导致养殖物大量死亡的情况下，损失是否由公司承担，需根据合同具体条款、违约情形及因果关系等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 合同条款的约定：

   • 若合同明确约定回收义务及违约责任：如果养殖合同中明确规定了公司在合同到期后负有回收养殖物的义务，并且约定了违约责任（如未按时回收导致损失应赔偿等），则公司未履行回收义务构成违约，应当按照合同约定承担赔偿责任。
   • 若合同未明确约定回收义务及违约责任：如果合同中没有明确约定公司的回收义务或违约责任，则需要根据《民法典》中关于合同违约的相关规定，结合实际情况判断公司是否应承担责任。

2. 违约情形与因果关系：

   • 公司违约行为与损失之间的因果关系：要确定公司是否应承担责任，需证明公司的违约行为（未按时回收）与养殖物大量死亡之间存在直接的因果关系。例如，如果因公司未及时回收导致养殖物因缺乏照料、环境恶化等原因死亡，则公司应承担相应责任。
   • 养殖户的减损义务：养殖户在发现公司违约后，也有义务采取合理措施防止损失扩大。如果养殖户未采取必要措施导致损失扩大，对于扩大的损失部分，公司可能不承担赔偿责任。

3. 法律适用与举证责任：

   • 法律适用：根据《民法典》中关于合同违约的规定，当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
   • 举证责任：在诉讼中，养殖户需要提供证据证明公司的违约行为、损失的存在以及违约行为与损失之间的因果关系。如果养殖户无法提供充分证据，可能面临败诉风险。

4. 实际操作建议：

   • 收集证据：养殖户应尽快收集与合同履行、公司违约行为及损失相关的证据，如合同文本、照片、视频、证人证言等。
   • 协商与调解：在诉讼前，养殖户可以尝试与公司进行协商或寻求第三方调解，以达成和解协议，降低诉讼成本。
   • 提起诉讼：如果协商和调解无果，养殖户可以向法院提起诉讼，要求公司承担违约责任并赔偿损失。

进一步思考：在实际操作中，养殖合同的具体条款、双方当事人的交易习惯以及行业惯例等因素都可能对责任承担产生影响。因此，在处理此类纠纷时，需要综合考虑各种因素，以得出更为合理的结论。如果有具体的合同文本或相关证据材料，可以进一步向我咨询，以便提供更具体的法律建议。