公司跨部门调动是否合法，需根据具体情况及法律法规进行综合判断，核心在于是否遵循了《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，特别是关于劳动合同变更的条款，以及是否得到了劳动者的同意，同时调岗行为还需具备合理性。以下是对此问题的详细分析：
一、合法跨部门调动的情形
劳动合同有明确约定：
- 如果劳动合同中已明确约定公司有权根据经营需要对员工进行跨部门调岗，并且调岗后的工作内容、劳动报酬等主要劳动条件基本相当，不具有侮辱性、惩罚性，那么这种调岗是合法的。例如，劳动合同中明确规定了“公司因业务发展可在内部合理调配员工岗位”，且实际调岗时符合该约定。
双方协商一致：
- 公司与员工就跨部门调岗事宜进行了充分沟通，并达成了书面协议，员工明确表示同意。这种情况下，调岗是基于双方真实意思表示达成的，因此是合法有效的。
基于生产经营需要且具备合理性：
- 公司因业务调整、部门整合等生产经营需要，对员工进行跨部门调岗，且调岗后的岗位与员工技能、经验相匹配，工作地点变动幅度适度（如同城内调动），薪酬待遇未显著降低。这种情况下，调岗可能被认定为合法。
二、不合法跨部门调动的情形
缺乏约定且未经协商：
- 劳动合同中没有关于跨部门调岗的约定，公司未经员工同意擅自作出跨部门调岗决定。这种情况下，调岗违反了劳动合同的约定和《劳动合同法》关于变更劳动合同需双方协商一致的规定，因此是不合法的。
不合理的调岗：
- 即使劳动合同有相关约定或进行了协商，但调岗后的岗位与员工技能、经验严重不匹配，或工作地点变动幅度过大（如跨城市调动且未提供合理补偿），对员工的生活造成重大不利影响。这种调岗可能被视为不合法，因为它损害了员工的合法权益。
带有惩罚性或侮辱性：
- 公司以跨部门调岗的方式对员工进行惩罚或使其人格尊严受损。例如，将员工从管理岗位调至体力劳动岗位，且无合理解释。这种调岗明显违反了劳动法律法规的相关规定，是不合法的。
三、员工权益保护与应对策略
积极沟通：
- 员工在面对跨部门调岗时，应首先与公司进行积极沟通，要求公司说明调岗依据和理由，表达自身诉求和关切。
保留证据：
- 员工应保存好与调岗相关的所有证据，包括工资单、岗位说明书、协商记录、书面调岗协议等。这些证据在后续可能的法律纠纷中将起到关键作用。
法律救济：
- 如果员工认为公司的跨部门调岗行为不合法，可以向当地劳动监察部门投诉公司的违法行为。如果投诉未能解决问题，员工还可以依法申请劳动仲裁，通过法律途径维护自己的权益。在仲裁过程中，员工需要提供相关证据来证明公司的调岗行为不合法。
解除劳动合同并要求经济补偿：
- 如果公司的调岗行为确实违反了劳动合同法的规定，且员工因此遭受了损失，员工还可以依据《劳动合同法》的相关规定解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿。
举例说明：
合法案例：某公司因业务调整，将部分员工从市场部调至销售部，调岗前与员工进行了充分沟通，并达成了书面协议。调岗后，员工的工作内容、劳动报酬等主要劳动条件基本相当，且公司提供了必要的培训和支持。这种情况下，调岗是合法的。
违法案例：某公司未经员工同意，擅自将员工从技术部调至保洁部，且未提供任何合理解释和补偿。员工拒绝调岗后，公司以员工不服从工作安排为由解除了劳动合同。这种情况下，公司的调岗行为是不合法的，员工有权要求公司支付赔偿金。
综上所述，公司跨部门调动的合法性取决于多种因素，包括劳动合同的约定、双方协商情况、调岗的合理性和必要性等。员工在面对跨部门调岗时，应了解自己的权益和义务，积极维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。