公司私自扣税一般是不合法的。以下从几个角度为你详细分析：
法律角度
根据《中华人民共和国税收征收管理法》以及相关税法规定，税收的征收和管理必须遵循法定程序，由税务机关依法进行。公司作为扣缴义务人，虽然有义务代扣代缴员工的个人所得税等税款，但这一行为必须严格依法进行，包括按照法定的税率、税基和计算方法进行计算，并按时足额缴纳给税务机关。公司私自扣税，即未经员工同意或未按照法定程序进行扣税，是违法的。
实际操作角度
未经员工同意的扣税：如果公司未经员工同意，擅自从员工工资中扣除税款以外的其他费用，或者以扣税为名行克扣工资之实，这种行为不仅违法，还侵犯了员工的合法权益。员工有权要求公司返还被非法扣除的款项，并可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
未按照法定程序扣税：即使公司是为了代扣代缴税款，但如果未按照法定程序进行，比如未按时足额缴纳给税务机关、未提供完整的扣税记录等，也可能构成违法。这种情况下，公司可能面临税务机关的处罚，包括罚款、滞纳金等。
员工权益保护角度
作为员工，如果发现公司存在私自扣税的行为，可以采取以下措施来保护自己的权益：
与公司沟通：首先可以尝试与公司进行沟通，了解扣税的具体原因和依据，要求公司提供相关的税法规定和扣税记录。
向劳动监察部门投诉：如果沟通无果，或者公司拒绝提供相关信息，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门介入调查并处理。
提起劳动仲裁：如果劳动监察部门的处理结果不满意，或者公司仍然拒绝改正其违法行为，员工可以向劳动仲裁机构提起劳动仲裁，要求公司返还被非法扣除的款项，并可能获得相应的赔偿。
特殊情况说明
当然，也存在一些特殊情况，比如公司可能因为某些误解或错误而进行了私自扣税。在这种情况下，如果公司能够及时纠正错误，并主动与员工沟通协商解决，那么可能不会构成严重的违法行为。但无论如何，公司都应该严格遵守税法规定，确保扣税行为的合法性和合规性。
总结来说，公司私自扣税一般是不合法的。作为员工，如果发现公司存在这种行为，应该及时采取措施来保护自己的权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。