结论：农村人将自建房卖给城镇人，虽签订了合同且付款，但未办理房产证，20年后农村人反悔，该房屋买卖合同的效力及房屋归属问题需分情况讨论。

1. 合同效力分析

• 合同本身效力：根据《中华人民共和国民法典》第二百一十五条，当事人之间订立的有关不动产物权的合同，自合同成立时生效；未办理物权登记的，不影响合同的效力。因此，即使未办理房产证，该房屋买卖合同在双方自愿、平等、公平的基础上签订，且内容不违反法律、行政法规的强制性规定，合同本身是有效的。

• 合同履行障碍：然而，由于未办理房产证，即未完成不动产物权的变更登记，根据《中华人民共和国民法典》第二百一十四条，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，应当依照法律规定进行登记，自记载于不动产登记簿时发生效力。因此，房屋的所有权并未因合同的签订而转移给城镇人。

2. 房屋归属及后续处理建议

• 房屋归属：由于未办理房产证，房屋的所有权仍属于农村人。农村人反悔后，可以主张房屋的所有权，但需承担因违反合同而可能产生的违约责任。

• 城镇人的权益保护：

  • 要求农村人继续履行合同：如果城镇人希望继续获得房屋的所有权，可以要求农村人配合办理房产证，完成房屋所有权的变更登记。但需注意，由于农村房屋的买卖可能受到土地管理法等相关法律的限制，如农村房屋一般只能在本村集体经济组织成员之间流转，城镇人可能无法合法取得房屋所有权。
  • 要求农村人赔偿损失：如果城镇人无法或不愿继续履行合同，可以要求农村人赔偿因合同违约而造成的损失，包括已支付的房款、利息损失以及因房屋价格上涨而可能获得的预期利益损失等。

• 法律程序建议：

  • 协商解决：双方可以首先尝试通过协商解决纠纷，达成和解协议，明确各自的权利和义务。
  • 诉讼解决：如果协商无果，城镇人可以向人民法院提起诉讼，要求农村人继续履行合同或赔偿损失。在诉讼过程中，法院将根据双方提供的证据和法律规定，对合同的效力、房屋的归属以及违约责任的承担等问题进行裁决。

3. 特殊情况考虑

• 农村房屋买卖的限制：根据相关法律规定，农村房屋的买卖可能受到土地管理法等法律的限制。如果城镇人并非本村集体经济组织成员，其购买农村房屋的行为可能被认定为无效，从而无法获得房屋的所有权。在这种情况下，城镇人只能要求农村人返还已支付的房款及赔偿相应的损失。

• 历史遗留问题处理：由于该房屋买卖行为发生在20年前，可能涉及一些历史遗留问题。在处理此类纠纷时，法院可能会考虑当时的法律环境、社会背景以及双方的实际情况等因素，进行综合判断和裁决。

总结与建议：农村人将自建房卖给城镇人未办理房产证的情况下，房屋的所有权仍属于农村人。城镇人可以通过要求农村人继续履行合同或赔偿损失等方式来维护自己的权益。但需注意农村房屋买卖可能受到的法律限制以及历史遗留问题的影响。在处理此类纠纷时，建议双方首先尝试协商解决；如果协商无果，可以寻求法律途径解决。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。