核心结论：针对擅自离岗长达16年的情况，需结合具体事实、单位规章制度及法律规定，分情况处理。以下是具体分析：

1. 劳动关系状态认定
   根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同。若单位规章制度明确规定“连续旷工X日或累计旷工X日属于严重违纪”，且该制度已通过民主程序制定并公示，离岗16年通常构成“严重违纪”，单位可单方解除劳动合同且无需支付经济补偿。
   关键点：需核实单位是否已履行规章制度公示程序，以及离岗期间是否曾被单位催告返岗（如未催告，可能影响解除合法性）。

2. 工资及社保处理

   • 工资：离岗期间未提供劳动，单位无需支付工资。但若单位曾以“停薪留职”等名义允许离岗，需按约定或单位制度处理。
     
   • 社保：单位需依法为劳动者缴纳社保至劳动关系解除之日。若单位未缴纳，劳动者可要求补缴（但需注意诉讼时效，通常为3年，部分地区可能延长）。
     风险提示：若单位已按自动离职处理但未出具书面解除通知，可能被认定为“违法解除”，需支付赔偿金（2N倍工资）。

3. 档案及社保关系转移
   根据《企业职工档案管理工作规定》第十八条，单位应在解除劳动合同后15日内为劳动者办理档案和社保关系转移手续。若因单位拖延导致劳动者无法享受社保待遇（如失业金、养老金），单位需承担赔偿责任。

4. 特殊情形处理

   • 疑似失踪或刑事犯罪：若劳动者离岗后下落不明或涉嫌犯罪，单位可依据《民法典》第四十条申请宣告失踪，或根据《劳动合同法》第四十条第三款（客观情况重大变化）解除合同。
     
   • 国企“停薪留职”历史遗留问题：若离岗发生在1990年代国企改革期间，需结合当时政策（如《关于企业职工要求“停薪留职”问题的通知》）及单位内部文件处理，可能涉及补缴管理费、恢复劳动关系等复杂情形。

行动建议：

1. 单位应立即核查规章制度合法性及离岗期间管理记录（如考勤、催告返岗通知等）；
   
2. 劳动者若主张权益，需收集工资条、社保记录、工作证等证明劳动关系存在的证据；
   
3. 双方均可通过劳动仲裁确认劳动关系状态，再协商或诉讼处理后续问题。
   

如有进一步细节（如单位性质、离岗原因、是否收到解除通知等），可继续向我咨询，我会结合具体情形提供更精准的建议。