总公司的综合工时审批一般不适用于分公司，但具体是否适用需视情况而定。以下从不同角度进行分析：

一、法律主体独立性角度

分公司虽然隶属于总公司，但在法律上通常被视为独立的经营主体（尽管不具有独立的法人资格）。综合工时制是一种特殊的工时制度，其审批通常针对具体的用人单位。因此，从法律主体独立性的角度来看，总公司的综合工时审批并不自动适用于分公司。分公司若需采用综合工时制，应单独向当地劳动行政部门提出申请，并获得相应的审批。

二、审批权限与地域性角度

劳动行政部门的审批权限通常具有地域性。总公司的综合工时审批可能是在其注册地或主要经营地获得的，而分公司可能位于不同的地区。由于不同地区的劳动行政部门可能对综合工时制的审批标准和要求存在差异，因此，总公司的审批结果并不一定能在分公司所在地得到认可。分公司应根据其所在地的具体规定，单独申请综合工时制。

三、实际操作与合规性角度

即使总公司获得了综合工时制的审批，如果分公司直接适用该审批结果，也可能面临合规性问题。因为劳动行政部门在审批综合工时制时，会考虑用人单位的具体情况，如工作性质、岗位特点、员工数量等。分公司与总公司在这些方面可能存在差异，因此，直接适用总公司的审批结果可能不符合分公司的实际情况，也可能违反当地劳动行政部门的规定。

四、建议与操作流程

1. 分公司单独申请：分公司应根据其所在地的具体规定，单独向当地劳动行政部门提出综合工时制的申请，并提交相关材料，如工作性质说明、岗位特点分析、员工数量及工作时间安排等。

2. 与总公司沟通协调：在申请过程中，分公司可以与总公司进行沟通协调，了解总公司申请综合工时制的经验和做法，以便更好地准备申请材料。

3. 关注审批结果与后续管理：分公司应密切关注劳动行政部门的审批结果，并根据审批结果调整工作时间安排。同时，分公司还应加强后续管理，确保综合工时制的实施符合当地劳动行政部门的规定和要求。

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