二次鉴定是否能推翻首次鉴定结论，具有不确定性，需根据具体案件情况，综合考虑鉴定的科学性、公正性、所依据材料的充分性和准确性，以及新证据的出现和法律标准的变化等多重因素。以下是对这一问题的详细分析：
可能导致二次鉴定推翻首次鉴定的因素
首次鉴定存在程序违法或瑕疵：如果首次鉴定机构或鉴定人员不具备相应资质，或者鉴定过程中违反法定程序，如样本采集方法不当、未遵循规定的时间和步骤进行检测等，都可能导致鉴定结果不可靠，从而在二次鉴定中被推翻。例如，在医疗事故鉴定中，如果首次鉴定未全面收集病历资料，或者对患者症状记录存在偏差，二次鉴定时若补充了完整准确的材料，就可能得出不同结论。
首次鉴定依据不充分或不准确：首次鉴定所依据的材料不全面、不准确，或者采用的技术手段落后，都可能影响鉴定结论的可靠性。随着科技发展，旧有鉴定技术可能存在局限性，首次鉴定采用落后技术方法，而二次鉴定运用更先进、科学的技术，有可能得出不同结果。
新证据的出现：在首次鉴定后，当事人可能找到对鉴定结果有重大影响的新证据，如新的病变情况、证人证言等，这些新证据可能导致二次鉴定推翻首次鉴定结论。
法律规定和标准的变化：法律规定的变更或新标准的出台，也可能影响二次鉴定的结果，使其与首次鉴定不同。
可能使二次鉴定维持首次鉴定的因素
首次鉴定规范科学：如果首次鉴定机构信誉良好，专业能力强，鉴定人员严格按照法定程序和科学方法进行操作，且所依据的材料真实、全面、准确，那么二次鉴定维持首次鉴定结论的可能性就较大。
鉴定事项相对稳定明确：对于一些简单、明确且客观状态相对稳定的鉴定事项，如物体尺寸测量等物理特征鉴定，受主观因素和外界变化影响较小，二次鉴定结果与首次鉴定一致的可能性较大。
鉴定机构和专家的专业性一致性：如果二次鉴定选择的机构和专家与首次鉴定具有相似或更高的专业水平，且均遵循相同的行业标准和规范，那么二次鉴定结果可能与首次鉴定保持一致。
申请二次鉴定的注意事项
心理准备和费用预算：二次鉴定可能需要更多的时间和费用，并且结果并不一定符合预期，因此应做好充分的心理准备和费用预算。
全面评估首次鉴定：在申请二次鉴定前，应全面评估首次鉴定的程序、依据、结论等，确保二次鉴定的必要性和合理性。
举例说明：假设在一起医疗纠纷中，首次鉴定认为医院不存在医疗过错，但患者认为鉴定过程存在瑕疵，如未全面收集病历资料。患者申请二次鉴定，并提供了新的病历资料作为证据。如果二次鉴定机构认为首次鉴定确实存在瑕疵，且新的病历资料对鉴定结果有重大影响，那么二次鉴定就有可能推翻首次鉴定结论。
总结与建议：二次鉴定是否能推翻首次鉴定结论，取决于多种因素的综合作用。在实际操作中，应根据具体案件情况，综合考虑各种因素，以做出合理的决策。如果你面临类似情况，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况，提供专业的法律建议。