结论前置：加班时间里扣吃饭时间是否合理，需分情况讨论，主要取决于公司规章制度、劳动合同的约定以及实际加班情况。

1. 公司规章制度与劳动合同的约定：

   • 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了加班时间内扣除吃饭时间的条款，并且该条款不违反法律法规的强制性规定，那么从合同自由的角度来看，这样的扣除可能是合理的。但前提是，该条款必须是在员工入职时或变更时明确告知员工，且员工没有提出异议或已经签字确认。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三条，订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。这意味着，只要双方达成一致，且不违反法律强制性规定，劳动合同中的条款就是有效的。

2. 实际加班情况与扣除的合理性：

   • 如果员工在加班期间确实有吃饭的需求，且公司提供了合理的吃饭时间（如半小时至一小时），并且这段时间不计入加班时间，那么从实际操作的角度来看，这样的扣除可能是合理的。但关键在于，扣除的时间必须合理，且不能影响员工的正常加班权益。
   • 不合理情况：如果公司扣除的吃饭时间过长，或者员工在加班期间根本没有机会吃饭，那么这样的扣除就是不合理的。此外，如果公司没有提供合理的吃饭时间，而是直接扣除加班时间中的一部分作为吃饭时间，这也可能构成对员工权益的侵害。

3. 法律法规的强制性规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，加班工资的计算是基于实际加班时间的。如果公司扣除的吃饭时间被不合理地计入加班时间，从而减少了员工的加班工资，那么这样的做法就是违法的。
   • 加班工资计算：加班工资的计算通常基于员工的时薪或日薪，以及实际的加班时间。如果公司扣除吃饭时间导致加班时间计算不准确，那么员工的加班工资也会相应减少，这是不合法的。

建议与行动：

• 如果你认为公司在加班时间里扣除吃饭时间不合理，首先可以查看公司的规章制度和劳动合同，了解是否有相关条款以及这些条款是否合法合规。
• 如果发现公司的做法存在问题，你可以与公司的人力资源部门或上级进行沟通，表达你的疑虑和诉求。
• 如果沟通无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

总结：加班时间里扣吃饭时间是否合理，需根据具体情况来判断。如果公司的做法符合法律法规和劳动合同的约定，且扣除的时间合理，那么这样的扣除可能是合理的。但如果公司的做法存在问题，你有权维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。